ธงชาติสาธารณรัฐอิสลามอัฟกานิสถาน แบบปัจจุบันนี้ ประกาศใช้ในสมัยรัฐบาลชุดถ่ายโอนอำนาจของรัฐอิสลามของอัฟกานิสถาน (พ.ศ. 2545 - พ.ศ. 2547) ลักษณะเป็นธงสามสี รูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า ภายในแบ่งตามแนวตั้ง เป็นสีดำ-แดง-เขียว กว้าง 2 ส่วน ยาว 3 ส่วน กลางธงมีรูปตราแผ่นดินของอัฟกานิสถาน ในลักษณะภาพลายเส้นสีขาว ลักษณะของธงชาติยุคนี้ คล้ายคลึงกับธงชาติในสมัยราชอาณาจักรอัฟกานิสถาน ช่วง พ.ศ. 2473 - พ.ศ. 2516 โดยมีความแตกต่างสำคัญที่มีการบรรจุภาพอักษรที่เรียกว่า ชะฮาดะฮ์ เป็นข้อความซึ่งแปลเป็นภาษาไทยได้ว่า "ข้าพเจ้านับถือว่า ไม่มีพระเจ้าอื่นใดนอกเหนือจากอัลลอหฺ และศาสดามุฮัมมัดคือ?ศาสนทูตแห่งอัลลอหฺ" ที่ตอนบนของภาพตรา วันที่ประกาศใช้อย่างเป็นทางการคือวันที่ 4 มกราคม พ.ศ. 2547
ในยุดก่อนสมัยการปกครองของกลุ่มตอลิบานและแนวร่วมอิสลามเพื่อการปลดปล่อยอัฟกานิสถาน ธงชาติในยุคนี้มีการใช้ภาพตราแผ่นดินแบบเดียวกับกับธงยุคปัจจุบัน แต่แถบสีนั้นเป็นแถบสีดำ-ขาว-เขียว เรืยงแถบสีธงตามแนวนอน
ประเทศอัฟกานิสถาน ถือได้ว่ามีการเปลี่ยนแปลงรูปแบบธงชาติในสมัยต่างๆ ตลอดช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 20 มากครั้งที่สุด มากกว่าชาติอื่นใดในโลกนี้
อัฟกานิสถานมีการเปลี่ยนแปลงรูปแบบธงชาติหลายครั้ง ตามการปกครองในแต่ละยุคสมัย เบื้องล่างต่อไปนี้เป็นธงชาติอัฟกานิสถาน นับตั้งแต่ พ.ศ. 2423 เป็นต้นมาจนถึงปัจจุบัน
