ธงชาติปานามา ออกแบบโดย มาเรีย ออสซา เด อมาดอร์ ธงนี้ได้ชักขึ้นครั้งแรกเมื่อวันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ. 2446 ได้รับการรับรองเป็นธงชาติชั่วคราวในปี พ.ศ. 2447 และได้รับการรับรองอย่างเป็นทางการเมื่อปี พ.ศ. 2468 ภายหลังมีการรับรองซ้ำอีกครั้งในวันที่ 28 มีนาคม พ.ศ. 2484
ลักษณะของธงชาติปานาอย่างเป็นทางการกำหนดไว้ในกฎหมายที่ 15 แห่งเดือนธันวาคม 1949 (Law 15 of December 1949) ไว้ดังนี้
ธงชาติแห่งสาธารณรัฐ (ปานามา) ประกอบด้วยพื้นธงที่แบ่งภายในเป็น 4 ส่วน กล่าวคือ ส่วนมุมบนด้านคันธงเป็นพื้นสีขาวมีรูปดาวห้าแฉกสีน้ำเงิน 1ดวง ส่วนมุมบนด้านปลายธงเป็นพื้นสีแดงเปล่า ส่วนมุมล่างด้านคันธงพื้นสีน้ำเงินเปล่า ส่วนมุมล่างด้านปลายธงเป็นพื้นสีขาวมีดาวห้าแฉกสีแดง 1 ดวง
ลักษณะของธงดังกล่าวสะท้อนถึงสภาพทางการเมืองของปานามาในขณะนั้น กล่าวคือ สีน้ำเงินหมายถึงพรรคอนุรักษนิยม สีแดงหมายถึงพรรคเสรีนิยม ซึ่งเป็นพรรคการเมืองที่ใหญ่ที่สุดของชาติในช่วงที่ออกแบบธง สีขาวหมายถึงสันติภาพและความบริสุทธิ์ ดาวสีน้ำเงินหมายถึงความบริสุทธิ์และความซื่อสัตย์ต่อประเทศชาติ ดาวสีแดงหมายถึงอำนาจอธิปไตยและกฎหมายของชาติ เมื่อนำดาวทั้งสองดวงมารวมกัน จึงหมายถึงสาธารณรัฐปานามาที่เกิดขึ้นใหม่โดยแยกตัวจากประเทศโคลัมเบีย
