ราชวงศ์บูร์กอญ (โปรตุเกส: Casa de Borgonha, อังกฤษ: House of Burgundy) เป็นราชตระกูลที่แยกมาจากราชวงศ์คาเปต์ของราชวงศ์กาเปเตียงโดยมีโรเบิร์ตที่ 1 ดยุกแห่งบูร์กอญผู้เป็นพระราชโอรสองค์รองในพระเจ้าโรแบร์ที่ 2 แห่งฝรั่งเศสเป็นผู้ก่อตั้ง
ราชตระกูลบูร์กอญปกครองอาณาจักรดยุกแห่งบูร์กอญระหว่างปี ค.ศ. 1032 มาจนถึงปี ค.ศ. 1361 สายตรงของราชตระกูลมาสิ้นสุดลงในปี ค.ศ. 1361 เมื่อ ฟิลิปที่ 1 ดยุกแห่งบูร์กอญสิ้นชีวิต หลังจากนั้นอาณาจักรก็ตกไปเป็นของพระเจ้าจอห์นที่ 2 แห่งฝรั่งเศส เพราะพระราชมารดาของพระองค์มีเชื้อสายตระกูลบูร์กอญ
“ราชวงศ์อัลฟองซีน” (Afonsine Dynasty) เป็นสาขาของราชตระกูลบูร์กอญที่สืบเชื้อสายมาจากเฮนรี เคานท์แห่งโปรตุเกส เฮนรีเป็นบุตรคนรองของเฮนรีแห่งบูร์กอญผู้เป็นบุตรของโรเบิร์ตที่ 1 ดยุกแห่งบูร์กอญผู้มาเสียชีวิตเสียก่อนที่จะได้รับอาณาจักร
เฮนรีในฐานะที่เป็นลูกคนรองมีโอกาสเพียงเล็กน้อยที่จะได้รับตำแหน่งหรือที่ดินจึงได้เข้าร่วมขบวนการพิชิตดินแดนคืนในคาบสมุทรไอบีเรียในปลายคริสต์ศตวรรษที่ 12 หลังจากพิชิตกาลิเซียในนามของสมเด็จพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 6 แห่งคาสตีลแล้วเฮนรีก็สมรสกับลูกสาวนอกสมรสของอัลฟอนโซ เทเรซา (Theresa, Countess of Portugal) และได้รับอาณาจักรเคานท์เป็นรางวัลที่เลออน ลูกชายของเฮนรีอัลฟอนโซ เอนริเคได้ขึ้นครองราชย์เป็นพระมหากษัตริย์แห่งโปรตุเกสหลังจากที่ได้รับชัยชนะต่อกองทัพของแม่ใน Battle of S?o Mamede ในปี ค.ศ. 1128 ปี แต่โปรตุเกสก็มิได้เป็นที่ยอมรับอย่างเป็นทางการว่าเป็นรัฐอิสระมาจนกระทั่งถึงปี ค.ศ. 1179 ในสมัยของสมเด็จพระสันตะปาปาอเล็กซานเดอร์ที่ 3 สายโปรตุเกสมาสิ้นสุดลงในปี ค.ศ. 1383
