ช่องแคบมาเจลลัน (อังกฤษ: Strait of Magellan, Magellanic Strait; สเปน: Estrecho de Magallanes) เป็นทางเดินเรือที่ตั้งอยู่ระหว่างตอนใต้ของแผ่นดินใหญ่ทวีปอเมริกาใต้กับกลุ่มเกาะเตียร์ราเดลฟวยโก ตั้งชื่อตามชื่อของเฟอร์ดินานด์ มาเจลลัน นักเดินเรือชาวโปรตุเกส ช่องแคบนี้เป็นทางเชื่อมสำคัญระหว่างมหาสมุทรแปซิฟิกกับมหาสมุทรแอตแลนติก มีความยาวประมาณ 570 กิโลเมตร ส่วนที่แคบที่สุดอยู่บริเวณเกาะการ์โลสที่ 3 ทางด้านตะวันตกของช่องแคบ ซึ่งกว้างเพียง 2 กิโลเมตร
เนื่องจากมาเจลลันเดินเรือมาถึงที่นี่ในวันที่ 1 พฤศจิกายน ซึ่งตรงกับวันสมโภชนักบุญทั้งหลายพอดี ในตอนแรกเขาจึงตั้งชื่อว่า "ช่องแคบแห่งเหล่านักบุญ" (Strait of All Saints) แต่ต่อมาพระมหากษัตริย์แห่งสเปนที่มาเจลลันถวายงานทรงเปลี่ยนชื่อมาเป็น "ช่องแคบมาเจลลัน" เพื่อเป็นเกียรติแก่เขา ปัจจุบันตลอดช่องแคบมาเจลลันถือเป็นน่านน้ำของชิลี แต่ปากทางด้านแอตแลนติกบางจุดเป็นอาณาเขตของอาร์เจนตินา อย่างไรก็ตาม เรือชาติต่าง ๆ ยังสามารถเดินทางผ่านช่องแคบนี้ได้อย่างเสรี
ก่อนที่จะมีการเปิดใช้คลองปานามาซึ่งสร้างเสร็จในปี ค.ศ. 1914 ช่องแคบนี้เป็นเส้นทางข้ามมหาสมุทรที่สำคัญและปลอดภัยสำหรับเรือกลจักรไอน้ำ แต่ถ้าเป็นเรือใบ เช่น เรือแบบคลิปเปอร์ จะนิยมใช้ช่องแคบเดรกซึ่งอยู่ใต้ลงไปอีก เพราะมีเนื้อที่ให้กลับลำเรือได้กว้างกว่า แต่ก็ต้องเสี่ยงกับสภาพอากาศที่ปั่นป่วนและคาดคะเนได้ยาก
