จักรวรรดิไนเซีย หรือ จักรวรรดิโรมันแห่งไนเซีย (อังกฤษ: Empire of Nicaea หรือ Roman Empire of Nicaea, กรีก: ????????? ??? ???????) เป็นอาณาจักรที่ใหญ่ที่สุดในบรรดารัฐไบแซนไทน์กรีกที่ก่อตั้งโดยชนชั้นเจ้านายผู้ปกครองจักรวรรดิไบแซนไทน์ที่หนีมาหลังจากที่เสียคอนสแตนติโนเปิลไปในสงครามครูเสดครั้งที่ 4 จักรวรรดิไนเซียก่อตั้งโดยราชวงศ์ลาคาริสรุ่งเรืองระหว่างปี ค.ศ. 1204 ไปจนเมื่อสิ้นสุดลงในปี ค.ศ. 1261
ในปี ค.ศ. 1204 อเล็กซิออสที่ 5 ดูคาสจักรพรรดิแห่งจักรวรรดิไบแซนไทน์เสด็จหนีจากคอนสแตนติโนเปิลหลังจากที่นักรบครูเสดชาวฝรั่งเศสเข้ารุกรานเมือง จักรพรรดิธีโอดอร์ที่ 1 ลาสคาริส พระโอรสเขยในจักรพรรดิอเล็กซิออสที่ 3 อันเจลอส ได้รับการประกาศให้เป็นจักรพรรดิแต่พระองค์ก็เสด็จหนีเช่นกัน โดยไปยังเมืองไนเซียในไบธีเนีย (Bithynia) เมื่อทรงเห็นว่าสถานการณ์ของคอนสแตนติโนเปิลอยู่ในสภาพที่สิ้นหวัง
จักรวรรดิละตินที่ก่อตั้งโดยนักรบครูเสดในคอนสแตนติโนเปิล ไม่มีความแข็งแกร่งพอที่จะควบคุมดินแดนต่างของไบแซนไทน์ ซึ่งทำให้มีรัฐเล็กรัฐน้อยก่อตัวกันขึ้นมาในอาณาจักรเดสโพเททแห่งเอพิรอส (Despotate of Epiros) และจักรวรรดิเทรบิซอนด์ (Empire of Trebizond) และไนเซียเอง แม้ว่าเทรบิซอนด์จะแยกตัวไปเป็นรัฐอิสระเพียงสองสามอาทิตย์ก่อนที่คอนสแตนติโนเปิลจะล่ม แต่ไนเซียตั้งอยู่ใกล้จักรวรรดิละตินมากกว่าและอยู่ในตำแหน่งที่เหมาะกับการที่จะใช้ในการก่อตั้งจักรวรรดิไบแซนไทน์ขึ้นใหม่ได่ง่ายกว่า
จักรพรรดิธีโอดอร์ที่ 1 ลาสคาริส ไม่ทรงประสบความสำเร็จเท่าใดนักในระยะแรก พระองค์ทรงได้รับความพ่ายแพ้ที่โพเมเนนัม และพรูซา หรือเบอร์ซาในตุรกีปัจจุบันในปี ค.ศ. 1204 แต่ทรงยึดดินแดนส่วนใหญ่ทางตะวันตกเฉียงเหนือของอานาโตเลียมาได้หลังจากที่จักรพรรดิบอลด์วินที่ 1 แห่งคอนสแตนติโนเปิลต้องทรงต่อต้านการรุกรานของจักรพรรดิคาโลยันแห่งบัลแกเรีย นอกจากนั้นธีโอดอร์ก็ยังทรงได้รับชัยชนะต่อกองทัพของเทรบิซอนด์และคู่อริอื่น ๆ ซึ่งทำให้พระองค์ทรงมีอำนาจปกครองอาณาจักรใหม่ที่มีอำนาจมากที่สุด ในปี ค.ศ. 1206 ธีโอดอร์ก็ทรงประกาศพระองค์เป็นจักรพรรดิแห่งไนเซีย
การเจรจาสงบศึกและการสร้างพันธมิตรเกิดขึ้นและล่มสลายหลายครั้งในช่วงสองสามปีต่อมา ในฐานะที่เป็นรัฐที่สืบเนื่องต่อมา จักรวรรดิละติน, บัลแกเรีย และเซลจุคตุรกีแห่งไอโคเนียม ต่างก็ต่อสู้กันเอง ในปี ค.ศ. 1211 ธีโอดอร์ก็ทรงได้รับชัยชนะครั้งใหญ่รุกรานของเซลจุคผู้ที่ได้รับการหนุนหลังอเล็กซิออสที่ 3 ในการพยายามกู้ราชบัลลังก์คืน ธีโอดอร์พยายามสร้างความถูกต้องในการดำรงตำแหน่งจักรพรรดิของพระองค์เองโดยทรงแต่งตั้งพระสังฆราชองค์ใหม่แห่งไนเซีย ในปี ค.ศ. 1219 ธีโอดอร์ก็เสกสมรสกับพระราชธิดาของจักรพรรดินีแห่งจักรวรรดิละติน จักรพรรดินีโยลันดาแห่งฟลานเดอร์ส แต่ก็มาเสด็จสวรรคตลงในปี ค.ศ. 1222 ผู้ครองราชย์ต่อจากพระองค์คือพระโอรสเขยจักรพรรดิจอห์นที่ 3 ดูคาส วาตัทซีส
