คลองภาษีเจริญ เริ่มต้นที่บริเวณปากคลองบางกอกใหญ่และคลองบางขุนศรีมาบรรจบกัน ไปเชื่อมแม่น้ำท่าจีนที่ตำบลดอนไก่ดี จังหวัดสมุทรสาคร รวมความยาว 28 กิโลเมตร โดยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ ให้พระภาษีสมบัติบริบูรณ์ (ยิ้ม พิศลยบุตร) เจ้าภาษีฝิ่นเป็นแม่กองขุด ใช้เงินภาษีฝิ่นพระราชทานเป็นเงิน 112,000 บาท พระราชทานนามว่า “คลองภาษีเจริญ” แล้วเสร็จในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จพระราชดำเนินเปิดคลองในปี พ.ศ. 2415 ได้คลองมีความยาว 620 เส้น กว้าง 7 วา ลึก 5 ศอก ต่อมาในปี พ.ศ. 2428 - 2429 และ 2446 ได้มีการขุดลอกอีกครั้งพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้า ฯ ให้ทำพิธีเปิดคลองเมื่อวันที่ 10 พฤษภาคม มีประตูน้ำ 2 แห่ง สร้างเมื่อปี พ.ศ. 2450 เสร็จเมื่อปี พ.ศ. 2452 คือ ประตูน้ำภาษีเจริญตอนนอก อยู่ในเขตภาษีเจริญ และประตูน้ำภาษีเจริญตอนในอยู่ทางด้านแม่น้ำท่าจีน คลองภาษีเจริญ ไหลผ่านอาณาเขตเขตภาษีเจริญ เขตบางแค และเขตหนองแขม กรุงเทพมหานคร และอำเภอกระทุ่มแบน จังหวัดสมุทรสาคร
ได้มีเปิดทดลองเดินเรือในคลองภาษีเจริญตลอดเส้นทางเดินเรือโดยสารคลองภาษีเจริญ จากท่าเรือ วัดปากน้ำภาษีเจริญถึงท่าเรือเพชรเกษม 69 กำหนดเริ่มทดลองเดินเรือและเปิดให้บริการประชาชนฟรี ตั้งแต่วันที่ 24 เมษายน – 4 พฤศจิกายน พ.ศ. 2557 โดยเส้นทางเดินเรือโดยสารคลองภาษีเจริญ จากท่าเรือ วัดปากน้ำภาษีเจริญถึงท่าเรือเพชรเกษม 69 ระยะทาง 11.5 กิโลเมตร ประกอบด้วยท่าเรือ 15 ท่าต่อไป นี้
ส่วนตารางการเดินเรือโดยสารคลองภาษีเจริญ นั้น จะมีเดิน รอบเช้า ตั้งแต่ 6.00 น. ถึง 9.00 น. และ เดิน รอบเย็น ตั้งแต่ 16.00 น. ถึง 19.30 น. โดยวันจันทร์ถึงวันศุกร์ (ยกเว้นวันหยุดนักขัตฤกษ์) จะมีเดินทุก 15 นาที ส่วนวันเสาร์ วันอาทิตย์ และ วันหยุดนักขัตฤกษ์ จะมีเดินทุก 30 นาที
