คลองบางกอกน้อย ตั้งอยู่ในเขตบางกอกน้อย กรุงเทพมหานคร เดิมเคยเป็นส่วนหนึ่งของแม่น้ำเจ้าพระยา จนกระทั่งรัชสมัยสมเด็จพระไชยราชาธิราชแห่งกรุงศรีอยุธยา (พ.ศ. 2077 - 2089) ได้โปรดฯ ให้ขุดคลองลัดแม่น้ำขึ้นจากปากคลองบางกอกน้อยไปยังปากคลองบางกอกใหญ่ ซึ่งกล่าวกันว่าช่วยย่นระยะทางได้ถึง 1 วัน ต่อมากระแสน้ำส่วนใหญ่ได้ไหลเข้าสู่คองลัดทำให้คลองกว้างขึ้นเรื่อยๆ กลายเป็นแม่น้ำเจ้าพระยาสายใหม่ ส่วนแม่น้ำสายเดิมแคบลงกลายเป็นคลองบางกอกน้อย คลองชักพระ และคลองบางกอกใหญ่แทน
คลองบางกอกน้อยเริ่มต้นตั้งแต่แม่น้ำเจ้าพระยาทางเหนือของสถานีรถไฟธนบุรี ไหลขึ้นไปบรรจบคลองชักพระ (คลองบางขุนศรี) และคลองลัดบางกรวย ตรงข้ามวัดสุวรรณคีรี มีความกว้างมากถึง 40 เมตร และยาว 3.3 กิโลเมตร คณะรัฐมนตรีมีมติให้คลองบางกอกน้อยเป็นคลองสำคัญซึ่งจะต้องอนุรักษ์ไว้ เมื่อวันที่ 13 มิถุนายน พ.ศ. 2510 ในปัจจุบันช่วง คลองลัดบางกรวย (หมายเลข ๒ ในภาพ) ถือว่าเป็นส่วนหนึ่งคลองบางกอกน้อยไปด้วย รวมถึงคลองอ้อม หรือคลองอ้อมนนท์ ก็เรียกกันทั่วไปว่าคลองบางกอกน้อยเช่นกัน
ปัจจุบัน คลองบางกอกน้อยใช้ในการคมนาคม สัญจร ทัศนาจร ท่องเที่ยว ใช้ขนส่งสินค้า ใช้เล่นกีฬาทางน้ำ ใช้อาบน้ำ ใช้ล้างภาชนะ ใช้ระบายน้ำ เป็นเส้นทางชักพระของวัดนางชี ซึ่งมีขึ้นในวันแรม 2 ค่ำ เดือน 12 ของทุกปี โดยชักแห่ไปทางน้ำ ผ่านคลองชักพระ คลองบางกอกน้อย แล้ววกลงมาตามแม่น้ำเจ้าพระยา เข้าคลองบางกอกใหญ่ กลับไปยังวัดนางชีตามเดิม ไหลผ่าน เขตบางกอกน้อย เขตตลิ่งชัน อ.บางกรวย อ.บางใหญ่ อ.เมืองนนทบุรี
