คลองนครเนื่องเขต ขุดขึ้นตามพระราชประสงค์ของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 เพื่อช่วยย่นระยะทางระหว่างเมืองบางกอกและฉะเชิงเทรา คลองเริ่มขุดตั้งแต่ปี พ.ศ. 2419 แล้วเสร็จปีถัดมา โดยทรงพระราชดำริว่าทางคลองแสนแสบจากกรุงเทพฯ ถึงเมืองฉะเชิงเทรานั้นยังมีที่อ้อมไกลอยู่ จึงมีพระบรมราชโองการดำรัสให้สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ แต่งตั้งเจ้าพนักงานขุดคลอง ตั้งแต่ศาลากลางคลองแสนแสบตรงไปถึงปลายคลองท่าไข่ แขวงเมืองฉะเชิงเทรา ซึ่งสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ ตั้งให้พระชลธารวินิจฉัยเป็นแม่กองได้ลงมือขุดตั้งแต่วันพุธเดือน 7 แรม 1 ค่ำ ปีชวด อัฐศกศักราช 1238 ตรงกับปีพ.ศ.2419 ถึงวันพุธ เดือน 3 แรม 10 ค่ำ ปีฉลู นพศกศักราช 1239 ตรงกับปีพ.ศ.2420 แล้วทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้พระยาวิเศษฤาไชยผู้ว่าราชการเมืองฉะเชิงเทรา จัดการเป็นพระราชพิธีเปิดคลอง ณ วันพุธ เดือน 4 แรม 2 ค่ำ ปีฉลู นพศกศักราช 1239 วันรุ่งขึ้นอ่านประกาศพระบรมราชโองการเปิดคลองนี้เป็นพระฤกษ์ให้มหาชนไปมาต่อไป พระราชทานนามว่า"คลองนครเนื่องเขตร์" ซึ่งมีความหมายว่าสุดเขตพระนคร เป็นคลองยาว 530 เส้น 10 วา หรือ 21.2 กิโลเมตร กว้าง 6 วา ลึก 4 ศอก เนื้อที่นาสองฝั่งคลอง 32,400 ไร่ สิ้นพระราชทรัพย์ 924 ชั่ง 5 ตำลึง หรือ 73,940 บาท
คลองนครเนื่องเขตแยกจากคลองแสนแสบในเขตหนองจอก กรุงเทพมหานคร ไปสิ้นสุดที่แม่น้ำบางปะกง ตำบลคลองนครเนื่องเขต อ.เมือง จ.ฉะเชิงเทรา ตลอดสองฝั่งคลองเรียงรายไปด้วยสุเหร่าและวัดเป็นจำนวนมาก ปัจจุบันได้ใช้เป็นคลองระบายน้ำในช่วงหน้าฝน เป็นเส้นทางคมนาคม เป็นแหล่งท่องเที่ยวสำคัญของฉะเชิงเทรา มีตลาดโบราณคลองนครเนื่องเขตซึ่งมีอายุกว่าร้อยปีอยู่บริเวณที่คลองมาบรรจบกับแม่น้ำบางปะกง
