มีการขุดคลองมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา แบ่งได้เป็น คลองรอบเมือง หรือ คลองคูเมือง ขุดเพื่อป้องกันการรุกราน ของศัตรู มีความสำคัญทางยุทธศาสตร์ ต่อมาคือคลองลัด ขุดขึ้นเพื่อย่นระยะเวลาในการเดินทาง และคลองเชื่อมแม่น้ำ ขุดขึ้น เพื่อประโยชน์ ในการคมนาคม ขนส่ง และดูแลหัวเมืองใกล้เคียง
ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 ถือได้ว่าเป็นยุคที่มีการขุดคลองมากที่สุดยุคหนึ่ง มีทั้งขุดคลองใหม่และขุดลอกคลองเก่า เพื่อขยายพื้นที่เพาะปลูกและเส้นทางคมนาคมระหว่างกรุงเทพกับจังหวัดข้างเคียง ที่มีการผลิตข้าวและเป็นเส้นทางลำเลียงข้าวออกสู่ตลาดต่างประเทศ ดังพระราชดำริที่กล่าวไว้ในประกาศเรื่องอนุญาตขุดคลอง "การขุดคลอง เพื่อให้เป็นที่มหาชนทั้งปวงได้ไปมาอาศัย แลเป็นทางที่จะให้สินค้าได้บรรทุกไปมาโดยสะดวก ซึ่งให้ผลแก่การเรือกสวนไร่นา ซึ่งจะได้เกิดทวีขึ้นในพระราชอาณาจักร เป็นการอุดหนุนการเพาะปลูกในบ้านเมืองให้วัฒนาเจริญยิ่งขึ้น"
ในสมัยรัชกาลที่ 5 มีคลองที่สำคัญเกิดขึ้นหลายสายเช่น คลองเปรมประชากร คลองนครเนื่องเขต คลองประเวศบุรีรมย์ คลองอุดมชลจร คลองราชมนตรี คลองทวีวัฒนา คลองนราภิรมย์ คลองรังสติประยูรศักดิ์ คลองประปา เป็นต้น ปัจจุบันคลองในกรุงเทพฯ
