ครูบาศรีวิชัย หรือ พระศรีวิชัยชนะภิกขุ (คำเมือง: ) พระมหาเถระซึ่งเป็นที่รู้จักในฐานะผู้สร้างถนนทางขึ้นพระบรมธาตุดอยสุเทพ จังหวัดเชียงใหม่ เมื่อปี พ.ศ. 2477 จนได้รับการขนานนามว่า ตนบุญแห่งล้านนา หมายถึงนักบุญแห่งล้านนา
ครูบาศรีวิชัย เป็นที่รู้จักกันทั่วไป โดยเฉพาะในเขตภาคเหนือของประเทศไทย (ล้านนา) ว่าเป็น "ตนบุญ" หรือ "นักบุญ" อันมีความหมายเชิงยกย่องว่าเป็นนักบวชที่มีคุณสมบัติพิเศษ อาจพบว่ามีการเรียกอีกว่า ครูบาเจ้าศรีวิชัย พระครูบาศรีวิชัย ครูบาศีลธรรม หรือ ทุเจ้าสิริ (อ่าน "ตุ๊เจ้าสิลิ") แต่พบว่าท่านมักเรียกตนเองเป็น พระชัยยาภิกขุ หรือ พระศรีวิชัยชนะภิกขุ
ครูบาศรีวิชัย เดิมชื่อ "เฟือน" หรือ "อินท์เฟือน" บ้างก็ว่า "อ้ายฟ้าร้อง" เนื่องจากในขณะที่ท่านเกิด มีปรากฏฝนฟ้าคะนองอย่างหนัก ส่วนอินท์เฟือนนั้น หมายถึง การเกิดกัมปนาทหวั่นไหวถึงสวรรค์หรือเมืองของพระอินทร์ ท่านเกิดในปีขาล เดือน 9 เหนือ (เดือน 7 ของภาคกลาง) ขึ้น 11 ค่ำ จ.ศ. 1240 เวลาพลบค่ำ ตรงกับวันอังคารที่ 11 มิถุนายน พ.ศ. 2421 ที่บ้านปาง ตำบลแม่ตืน (ปัจจุบันคือตำบลศรีวิชัย) อำเภอลี้ จังหวัดลำพูน เป็นบุตรของนายควาย นางอุสา มีพี่น้องทั้งหมด 5 คน คือ
นายควาย บิดาของท่านได้ติดตามผู้เป็นตาคือ หมื่นปราบ (หมื่นผาบ) ซึ่งมีอาชีพเป็นหมอคล้องช้างของเจ้าดาราดิเรกรัตนไพโรจน์ เจ้าผู้ครองนครลำพูน องค์ที่ 7 (ช่วง พ.ศ. 2414-2431) ไปตั้งครอบครัวบุกเบิกที่ทำกินอยู่ที่บ้านปาง บ้านเดิมของนายควายอยู่ที่บ้านสันป่ายางหลวง ทางด้านเหนือของตัวเมืองลำพูน
นายอินท์เฟือน อาศัยอยู่ในหมู่บ้านกันดาร มีชนกลุ่มน้อยอาศัยอยู่มากโดยเฉพาะชาวกะเหรี่ยง ในช่วงนั้นบ้านปางยังไม่มีวัดประจำหมู่บ้าน จนกระทั่งเมื่อนายอินท์เฟือนมีอายุได้ 17 ปี ได้มีพระภิกษุรูปหนึ่งชื่อ "ครูบาขัตติยะ" หรือที่ชาวบ้านเรียกว่า "ครูบาแฅ่งแฅะ" (หมายถึง ขาพิการ เดินขากะเผลก) เดินธุดงค์จากบ้านป่าซางผ่านมาถึงหมู่บ้านนั้น ชาวบ้านจึงนิมนต์ให้ท่านอยู่ประจำที่บ้านปาง แล้วก็ช่วยกันสร้างกุฏิชั่วคราวให้ท่านจำพรรษา
เด็กชายอินท์เฟือน จึงได้ฝากตัวเป็นศิษย์ และเมื่ออายุได้ 18 ปี ก็ได้บรรพชาเป็นสามเณรที่อารามแห่งนี้ โดยมีครูบาขัตติยะเป็นพระอุปัชฌาย์ 3 ปีต่อมา (พ.ศ. 2442) ได้เข้าอุปสมบทในอุโบสถวัดบ้านโฮ่งหลวง อำเภอบ้านโฮ่ง จังหวัดลำพูน โดยมีครูบาสมณะ วัดบ้านโฮ่งหลวง เป็นพระอุปัชฌาย์ ได้รับนามฉายาในการอุปสมบทว่า "สิริวิชโยภิกฺขุ" มีนามบัญญัติว่า พระศรีวิชัย
เมื่ออุปสมบทแล้ว พระศรีวิชัย สิริวิชโยภิกขุ ได้กลับมาจำพรรษาที่อารามบ้านปาง 1 พรรษา จากนั้นได้ไปศึกษากัมมัฏฐานและวิชาอาคมกับครูบาอุปละ วัดดอยแต อำเภอแม่ทา จังหวัดลำพูน ต่อมาได้ไปฝากตัวเป็นศิษย์ของครูบาวัดดอยคำ และอีกท่านหนึ่งที่ถือว่าเป็นครูของครูบาศรีวิชัยคือ ครูบาสมณะ วัดบ้านโฮ่งหลวง ซึ่งเป็นพระอุปัชฌาย์ของท่าน
ครูบาศรีวิชัย ได้รับการศึกษาจากครูบาอุปละ วัดดอยแต เป็นเวลา 1 พรรษาก็กลับมาอยู่ที่อารามบ้านปางจนถึง พ.ศ. 2444 อายุได้ 24 ปี พรรษาที่ 4 ครูบาขัตติยะได้จาริกออกจากบ้านปางไป (บางท่านว่ามรณภาพ) ครูบาศรีวิชัย จึงรักษาการแทนในตำแหน่งเจ้าอาวาส และเมื่อครบพรรษาที่ 5 ได้เป็นเจ้าอาวาสวัดบ้านปาง จากนั้นก็ได้ย้ายวัดไปยังสถานที่ที่เห็นว่าเหมาะสม คือบริเวณเนินเขาซึ่งเป็นที่ตั้งวัดบ้านปางในปัจจุบัน เพราะเป็นที่วิเวกและสามารถปฏิบัติธรรมได้เป็นอย่างดี โดยได้ให้ชื่อวัดใหม่แห่งนี้ว่า วัดจอมสรีทรายมูลบุญเรือง แต่ชาวบ้านทั่วไปยังนิยมเรียกว่า วัดบ้านปาง ตามชื่อของหมู่บ้าน
ครูบาศรีวิชัย เป็นผู้มีศีลาจารวัตรที่งดงามและเคร่งครัด ท่านงดการเสพหมาก เมี่ยง บุหรี่ โดยสิ้นเชิง ท่านงดฉันเนื้อสัตว์ ตั้งแต่เมื่ออายุได้ 26 ปี และฉันอาหารเพียงมื้อเดียว ซึ่งมักเป็นผักต้มใส่เกลือกับพริกไทย บางครั้งก็ไม่ฉันข้าวทั้ง 5 เดือน นอกจากนี้ท่านยังงดฉันผักตามวันทั้ง 7 คือ
นอกจากนี้ผักที่ท่านจะไม่ฉันเลยคือ ผักบุ้ง ผักปลอด ผักเปลว ผักหมากขี้กา ผักจิกและผักเฮือด-ผักฮี้ (ใบไม้เลียบอ่อน) โดยท่านให้เหตุผลว่า ถ้าพระภิกษุสามเณรรูปใดงดได้ การบำเพ็ญกัมมัฏฐานจะเจริญก้าวหน้า ผิวพรรณจะเปล่งปลั่ง ธาตุทั้ง 4 จะเป็นปกติ ถ้าชาวบ้านงดเว้นแล้วจะทำให้การถือคาถาอาคมดีนัก
ครูบาศรีวิชัยมีความปรารถนาที่จะบรรลุธรรมะอันสูงสุดดังปรากฏจากคำอธิษฐานบารมีที่ท่านอธิษฐานไว้ว่า "...ตั้งปรารถนาขอหื้อได้ถึงธรรมะ ยึดเหนี่ยวเอาพระนิพพานสิ่งเดียว..." และมักจะปรากฏความปรารถนาดังกล่าว ในตอนท้ายของคัมภีร์ใบลานที่ท่านสร้างไว้ทุกเรื่อง
อีกประการหนึ่งที่ทำให้ครูบาศรีวิชัยเป็นที่รู้จักและอยู่ในความทรงจำของชาวล้านนา คือการที่ท่านเป็นผู้นำในการสร้างทางขึ้นสู่ วัดพระธาตุดอยสุเทพโดยพลังศรัทธาประชาชนเป็นจำนวนมาก ทั้งกำลังกายและกำลังทรัพย์ ซึ่งใช้เวลาสร้างเพียง 5 เดือนเศษ โดยไม่ใช้งบประมาณของรัฐ
แต่เรื่องที่ทำให้ครูบาศรีวิชัยเป็นที่รู้จักกันในระยะแรกนั้น เกิดเนื่องจากการที่ท่านต้องอธิกรณ์ ซึ่งระเบียบการปกครองสงฆ์ตามจารีตเดิมของล้านนานั้นให้ความสำคัญแก่ระบบหมวดอุโบสถ หรือ ระบบหัวหมวดวัด มากกว่า และการปกครองก็เป็นไปในระบบพระอุปัชฌาย์อาจารย์กับศิษย์ ซึ่งพระอุปัชฌาย์รูปหนึ่งจะมีวัดขึ้นอยู่ในการดูแลจำนวนหนึ่งเรียกว่าเจ้าหมวดอุโบสถ โดยคัดเลือกจากพระที่มีผู้เคารพนับถือและได้รับการยกย่องว่าเป็น ครูบา ซึ่งหมายถึงพระภิกษุที่ได้รับความยกย่องอย่างสูง ดังนั้นครูบาศรีวิชัยซึ่งมีชื่อเสียงอยู่ในขณะนั้นจึงอยู่ในตำแหน่งหัวหมวดพระอุปัชฌาย์ โดยฐานะเช่นนี้ ครูบาศรีวิชัยจึงมีสิทธิ์ตามจารีตท้องถิ่นที่จะบวชกุลบุตรได้ ทำให้ครูบาศรีวิชัยจึงมีลูกศิษย์จำนวนมาก และลูกศิษย์เหล่านี้ก็ได้เป็นฐานกำลังที่สำคัญของครูบาศรีวิชัยในการดำเนินกิจกรรมทางศาสนาและกิจกรรมสาธารณประโยชน์ อีกทั้งยังเป็นแนวร่วมในการต่อต้านอำนาจจากกรุงเทพฯ เมื่อเกิดกรณีขัดแย้งขึ้นในเวลาต่อมา
ส่วนสงฆ์ในล้านนาเองก็มีแนวปฏิบัติที่หลากหลาย เนื่องจากมีการจำแนกพระสงฆ์ตามจารีตท้องถิ่นออกเป็นถึง 18 นิกาย และในแต่ละนิกายนี้ก็น่าจะหมายถึงกลุ่มพระที่เป็นสายพระอุปัชฌาย์สืบต่อกันมาในแต่ละท้องที่ซึ่งมีอำนาจปกครองในสายของตนโดยผ่านความคิดระบบครูกับศิษย์ และนอกจากนี้นิกายต่าง ๆ นั้นยังเกี่ยวข้องกับชื่อของเชื้อชาติอีกด้วย เช่น นิกายเชียงใหม่ นิกายขึน (เผ่าไทขึน/เขิน) นิกายยอง (จากเมืองยอง) เป็นต้น สำหรับครูบาศรีวิชัยนั้นยึดถือปฏิบัติในแนวของนิกายเชียงใหม่ผสมกับนิกายยองซึ่งมีแนวปฏิบัติบางอย่างต่างจากนิกายอื่นๆ มีธรรมเนียมที่ยึดถือคือ การนุ่งห่มที่เรียกว่า กุมผ้าแบบรัดอก สวมหมวก แขวนลูกประคำ ถือไม้เท้าและพัด ซึ่งยึดธรรมเนียมมาจากวัดดอยแต โดยอ้างว่า สืบวิธีการนี้มาจากลังกา
การที่ครูบาศรีวิชัยถือว่าท่านมีสิทธิ์ที่จะบวชกุลบุตรได้ตามจารีตการถือปฏิบัติมาแต่เดิมนั้น ทำให้ขัดกับพระราชบัญญัติการปกครองคณะสงฆ์ ร.ศ.121 (พ.ศ. 2446) เพราะในพระราชบัญญัติดังกล่าวกำหนดว่า พระอุปัชฌาย์ที่จะบวชกุลบุตรได้ ต้องได้รับการแต่งตั้งตามระเบียบการปกครองของสงฆ์จากส่วนกลางเท่านั้น โดยถือเป็นหน้าที่ของเจ้าคณะแขวงนั้น ๆ เป็นผู้คัดเลือกผู้ที่ควรจะเป็นอุปัชฌาย์ได้ และเมื่อคัดเลือกได้แล้วจึงจะนำชื่อเสนอเจ้าคณะผู้ใหญ่ในกรุงเทพฯ เพื่อดำเนินการแต่งตั้งต่อไป การจัดระเบียบการปกครองใหม่ของกรุงเทพฯ นี้ถือเป็นวิธีการสลายจารีตเดิมของสงฆ์ในล้านนาอย่างได้ผล องค์กรสงฆ์ล้านนาก็เริ่มสลายตัวลงทีละน้อยเพราะอย่างน้อยความขัดแย้งต่าง ๆ ก็เกิดขึ้นระหว่างสงฆ์ในล้านนาด้วยกันเอง ดังกรณี ความขัดแย้งระหว่างครูบาศรีวิชัยกับพระครูมหารัตนากรเจ้าคณะแขวงลี้ อำเภอลี้ จังหวัดลำพูน เป็นต้น
การต้องอธิกรณ์ระยะแรกของครูบาศรีวิชัยนั้นเกิดขึ้นเพราะครูบาศรีวิชัยถือธรรมเนียมปฏิบัติตามจารีตเดิมของล้านนา ส่วนเจ้าคณะแขวงลี้ซึ่งใช้ระเบียบวิธีปฏิบัติของกรุงเทพฯ ซึ่งเห็นว่าครูบาศรีวิชัยทำหน้าที่พระอุปัชฌาย์โดยไม่ได้รับการอนุญาตจากเจ้าคณะแขวงลี้ จึงถือว่าเป็นความผิด เพราะตั้งตนเป็นพระอุปัชฌาย์เองและเป็นพระอุปัชฌาย์เถื่อน ครูบามหารัตนากรเจ้าคณะแขวงลี้กับหนานบุญเติง นายอำเภอลี้ได้เรียกครูบาศรีวิชัยไปสอบสวนเกี่ยวกับปัญหาที่ครูบาศรีวิชัยเป็นพระอุปัชฌาย์บวชกุลบุตรโดยมิได้รับแต่งตั้งตามพระราชบัญญัติ การจับกุมครูบาศรีวิชัยสามารถแบ่งช่วงเวลาออกเป็น 3 ช่วงเนื่องจากเป็นระยะเวลาที่ยาวนานเกือบ 30 ปีและแต่ละช่วงจะมีรายละเอียดของสภาพสังคมที่แตกต่างกัน
ครูบาเจ้าศรีวิชัย ท่านเดินทางไปหนแห่งใดก็มีศรัทธาสาธุชนเคารพศรัทธา จากที่ได้ธุดงธ์ไปทั่วแผ่นดินล้านนาได้พบเห็นโบราณสถานสิ่งศักดิ์สิทธิ์คู่บ้านคู่เมืองแผ่นดินล้านนาเก่าแก่ทรุดโทรมลงเป็นอันมาก จึงได้ร่วมกับศรัทธาสาธุชนบูรณปฏิสังขรณ์ซ่อมแซมวัดวาอารามโบราณสถานทั่วแผ่นดินล้านนาไม่อาจจะนับได้ อาทิ บริเวณหน้าวิหารหลวงและพระบรมธาตุ วัดพระธาตุหริภุญชัยวรมหาวิหาร จังหวัดลำพูน (พ.ศ. 2463)
หลังจากกลับจากกรุงเทพฯ แล้วไปบูรณะพระเจดีย์ พระธาตุดอยเกิ้ง อำเภอฮอด (พ.ศ. 2464) สร้างวิหารวัดศรีโคมคำพระเจ้าตนหลวง จังหวัดพะเยา (พ.ศ. 2465) บูรณะพระธาตุดอยตุง จังหวัดเชียงราย บูรณะพระธาตุช่อแฮ จังหวัดแพร่ (พ.ศ. 2466) วัดพระสิงห์ จังหวัดเชียงใหม่ (พ.ศ. 2467) สร้างธาตุและบันไดนาค วัดบ้านปางพระธาตุเกตุสร้อยแก่งน้ำปิง (พ.ศ. 2468) รวบรวมพระไตรปิฏกฉบับอักษรล้านนาจำนวน 5,408 ผูก (พ.ศ. 2469-2471) บูรณะวัดสวนดอก จังหวัดเชียงใหม่ (พ.ศ. 2474) และผลงานชิ้นอมตะคือ การสร้างทางขึ้นดอยสุเทพ จังหวัดเชียงใหม่ ที่ศรัทธาสานุชนมาร่วมกันสร้างถนนวันละไม่ต่ำกว่า 5,000 คน แล้วเสร็จภายใน 6 เดือน ตามสัจจะวาจา (พ.ศ. 2478) สร้างวิหารวัดบ้านปาง (พ.ศ. 2478 เสร็จปี พ.ศ. 2482) วัดจามเทวี (พ.ศ. 2479) สุดท้าย คือ สะพานศรีวิชัย เชื่อมระหว่างลำพูน (ริมปิง) - (หนองตอง) เชียงใหม่ (พ.ศ. 2481) ที่มาสร้างเสร็จภายหลังจากที่ครูบาศรีวิชัยมรณภาพ (รวมวัดต่างๆที่ท่านครูบาเจ้าศรีวิชัยไปบูรณปฏิสังขรณ์รวม 108 วัด) ต่อมามีผู้เรียกท่านว่า พระศรีวิชัย ชาวบ้านจึงเรียกท่านว่า ครูบาศรีวิชัยบ้าง ครูบาวัดบ้านปางบ้าง ครูบาศีลธรรมบ้างซึ่งเป็นนามที่ชาวบ้านตั้งให้ ด้วยความนับถือ
ผลงานที่เด่นมากของครูบาศรีวิชัยก็คือ การสร้างถนนขึ้นดอยสุเทพ จังหวัดเชียงใหม่ ซึ่งครูบาศรีวิชัยได้รับคำเรียกร้องจากศรัทธาประชาชน ให้ช่วยดำริและจัดการเรื่องนี้ จึงเริ่มลงมือสร้างเมื่อวันที่ 9 พฤศจิกายน พ.ศ. 2477 เวลา 10.00 นาฬิกา ณ เชิงดอยสุเทพด้านห้วยแก้ว โดยมี พลตรี เจ้าแก้วนวรัฐ เจ้าผู้ครองนครเชียงใหม่ เป็นผู้ขุดจอบเป็นปฐมฤกษ์ การสร้างถนนสายนี้ใช้แรงงานเป็นจำนวนมากวันหนึ่งๆ จะมีผู้คนช่วยทำงานประมาณวันละไม่ต่ำกว่า 5,000 คน ถ้าคิดมูลค่าแรงงานเป็นเงินก็คงมากมายมหาศาลทีเดียว การสร้างทางสายนี้ใช้เวลา 5 เดือน กับ 22 วัน จึงแล้วเสร็จ และเปิดให้รถขึ้นลงได้ เมื่อวันที่ 30 เมษายน พ.ศ. 2478
ในช่วงนั้น เชียงใหม่ถูกลดบทบาทลงเป็นเพียงศูนย์กลางของมณฑลพายัพ ถึงแม้ทางส่วนกลางจะพยายามรวมทุกแว่นแคว้นเข้าเป็นไทยเดียวกัน แต่ล้านนายังคงเอกลักษณ์ทางด้านชีวิตความเป็นอยู่ไว้อย่างเหนียวแน่น ต่างจากภาคอื่น ๆ ที่ถูกกลืนเข้าอยู่ภายใต้นโยบายการปกครองของส่วนกลาง ส่วนกลางพยายามจะลดบทบาทของล้านนาลงในทุกวิถีทาง เช่น ทางด้านการปกครอง ก็ส่งข้าหลวงจากส่วนกลางมาประจำมณฑลพายัพ ส่วนทางด้านศาสนา สมเด็จพระมหาสมณเจ้ากรมพระยาวชิรญาณวโรรส ได้เป็นผู้ดำเนินการจัดระเบียบการปกครองคณะสงฆ์ทั่วราชอาณาจักร แต่ในขณะนั้นรูปแบบการปกครองสงฆ์ในล้านนาได้มีรูปแบบเฉพาะของตน โดยผ่านความคิดระบบครูกับอาจารย์ นอกจากนี้นิกายต่าง ๆ นั้น ยังเกี่ยวข้องกับเชื้อชาติอีกด้วย เช่น นิกายเชียงใหม่ นิกายขืน นิกายยอง อีกด้วย เป็นต้น สำหรับครูบาเจ้าศรีวิชัยนั้นยึดถือปฏิบัติในแนวของนิกายเชียงใหม่ผสมกับนิกายยอง ซึ่งแพร่หลายในเขตบ้านโฮ่ง อำเภอป่าซาง จังหวัดลำพูน มีธรรมเนียมที่ยึดถือคือ การนุ่งห่มที่เรียกว่า “กุมผ้าแบบรัดอก” สวมหมวกแขวนลูกปะคำ ถือไม้เท้าและพัด ซึ่งยึดธรรมเนียมมาแต่วัดดอยแต โดยอ้างว่าสืบวิธีการนี้มาจากลังกา
ระบบการปกครองสงฆ์ในล้านนาที่เน้น “หัวหมวดอุโบสถ” หรือ “หัวหมวดวัด” เป็นระบบการปกครองของสงฆ์ล้านนาแต่เดิม พระอุปัชฌาย์รูปหนึ่งจะมีวัดขึ้นอยู่ในการดูแลจำนวนหนึ่ง เรียกว่า “เจ้าหมวดอุโบสถ” คัดเลือกพระที่มีผู้เคารพนับถือและได้รับการยกย่องว่าเป็นครูบา ดังนั้นครูบาเจ้าศรีวิชัย ซึ่งมีชื่อเสียงอยู่ในขณะนั้น และอยู่ในตำแหน่งหัวหมวดพระอุปัชฌาย์ ครูบาเจ้าศรีวิชัยจึงมีสิทธิที่จะบวชกุลบุตรได้ตามจารีตของสงฆ์ล้านนา การที่ครูบาเจ้าศรีวิชัยมีสิทธิที่จะบวชกุลบุตรได้ตามจารีตการถือปฏิบัติมาแต่เดิมนั้นขัดกับพระราชบัญญัติการปกครองคณะสงฆ์ ร.ศ.121 (พ.ศ. 2446) ในพระราชบัญญัตินี้ กำหนดว่า พระอุปัชฌาย์ที่จะบวชกุลบุตรได้ ต้องได้รับการแต่งตั้งตามระเบียบการปกครองของสงฆ์จากส่วนกลางเท่านั้น โดยถือเป็นหน้าที่ของเจ้าคณะแขวงนั้น ๆ เป็นผู้คัดเลือก และเมื่อคัดเลือกได้แล้ว จะนำชื่อเสนอเจ้าคณะผู้ใหญ่ในกรุงเทพฯเพื่อดำเนินการแต่งตั้งต่อไป
พระราชบัญญัติการปกครองสงฆ์ ร.ศ.121 เป็นการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างการปกครองคณะสงฆ์ใหม่ ในดินแดนล้านนานั้น สงฆ์ทั้งหลายไม่ว่าจะสายในก็ตาม ต่างมีความคิดต่อเรื่องนี้แตกต่างกันออกไป โดยแบ่งออกได้เป็น 3 กลุ่ม คือ
เริ่มจากครูบามหารัตนากร เจ้าคณะแขวงลี้ จังหวัดลำพูน กับหนานบุญเติง นายอำเภอลี้ ได้เรียกครูบาเจ้าศรีวิชัยไปสอบสวน เกี่ยวกับกรณีที่ท่านเป็นพระอุปัชฌาย์บวชกุลบุตร โดยไม่ได้รับแต่งตั้งตามพระราชบัญญัติ ในขณะนั้น พระครูญาณมงคล (ปัญญา) เป็นเจ้าคณะเมืองลำพูน
กรณีนี้ได้สร้างปมยุ่งยากให้ครูบาเจ้าศรีวิชัยในเวลาต่อมา เพราะท่านไม่ยอมขึ้นกับส่วนกลาง ยังยึดถือขนบปฏิบัติแบบล้านนาอยู่ ทำให้ถูกเพ่งเล็งจากส่วนกลาง เนื่องจากเป็นพระที่มีอิทธิพลต่อความเชื่อความศรัทธาของชาวบ้านสูง นำไปสู่การจับกุมครูบาเจ้าศรีวิชัย ซึ่งสามารถแบ่งช่วงเวลาออกเป็น 3 ช่วง เป็นระยะเวลายาวนานกว่า 30 ปี
ครูบาเจ้าศรีวิชัยถูกจับกุมด้วยข้อหาต้องอธิกรณ์ สืบเนื่องจากที่ชาวบ้านและชาวเขามีความศรัทธาเลื่อมใสในตัวท่าน มักนำบุตรหลานไปฝากฝังให้บวชเณรและอุปสมบท เมื่อความทราบถึงเจ้าคณะแขวงและนายอำเภอลี้ ก็กล่าวหาครูบาศรีวิชัยว่าล่วงเกินอำนาจของตน เจ้าคณะแขวง และนายอำเภอลี้ ได้นำกำลังตำรวจเข้าจับกุม โดยนำไปกักขังไว้ที่วัดเจ้าคณะแขวงลี้ได้ 4 คืน จากนั้นจึงส่งท่านให้พระครูบ้านยู้ เจ้าคณะจังหวัดลำพูน เพื่อรับการไต่สวน ซึ่งผลก็ไม่ปรากฏความผิดอันใด
หลังจากการไต่สวนครั้งแรกไม่นาน ครูบาเจ้าศรีวิชัยก็ถูกเรียกตัวสอบอีกครั้ง โดยพระครูมหาอินทร์ เจ้าคณะแขวงลี้ เนื่องจากมีหมายเรียกให้ครูบาเจ้าศรีวิชัยนำลูกวัดไปประชุมเพื่อรับทราบระเบียบกฎหมายใหม่จากนายอำเภอและเจ้าคณะแขวงลี้ แต่ครูบาเจ้าศรีวิชัยไม่ได้ไปตามหมายเรียก และส่งมีผลให้เจ้าอธิการหัววัดที่อยู่ในหมวดอุโบสถของครูบาเจ้าศรีวิชัย ไม่ได้ไปประชุมเช่นกัน เพราะเห็นว่าเจ้าหัวหมวดไม่ไปประชุมลูกวัดก็ไม่ควรไป ดังนั้น พระครูเจ้าคณะแขวง จึงสั่งให้นายสิบตำรวจเมืองลำพูนเข้าไปจับกุมครูบาเจ้าศรีวิชัย นำส่งให้พระครูญาณมงคลเจ้าคณะจังหวัดลำพูนไต่สวน และกักขังไว้ที่วัดพระธาตุหริภุญไชย เมืองลำพูน เป็นเวลา 23 วัน
ส่วนในครั้งที่สามเกิดขึ้นในปีพุทธศักราชเดียวกัน พระครูเจ้าคณะแขวงลี้ ได้สั่งให้ครูบาเจ้าศรีวิชัย นำลูกวัด เจ้าอธิการหัววัด ตำบลบ้านปาง ซึ่งอยู่ในหมวด ไปประชุมที่วัดเจ้าคณะแขวง ตามพระราชบัญญัติที่จะเพิ่มขึ้น ปรากฏว่าครูบาเจ้าศรีวิชัย ก็ไม่ได้เข้าร่วมประชุมอีก มีผลให้บรรดาหัววัดไม่ไปอีกเช่นกัน เจ้าคณะแขวงและนายอำเภอลี้จึงมีหนังสือฟ้องถึงพระครูญาณมงคล เจ้าคณะจังหวัดลำพูน ครูบาเจ้าศรีวิชัยจึงถูกจับขังไว้ที่วัดพระธาตุหริภุญไชยเป็นเวลา 1 ปี หลังจากนั้น พระครูญาณมงคล จึงได้เรียกประชุมพระครูผู้ใหญ่ในจังหวัด เพื่อพิจารณาเรื่องนี้ และในที่สุด ก็ได้ปลดครูบาเจ้าศรีวิชัยให้พ้นจากตำแหน่งหัวหมวดวัด มิให้เป็นพระอุปัชฌาย์อีกต่อไป และถูกจับขังต่อไปอีก 1 ปี
จะเห็นได้ว่า การที่ครูบาศรีวิชัยถูกจับกุมเนื่องจากความกระด้างกระเดื่อง ไม่ปฏิบัติตามคำสั่งของเจ้าคณะแขวง ตลอดจนไม่สนใจพระราชบัญญัติปกครองคณะสงฆ์ฉบับใหม่ อาจเนื่องด้วยครูบาเจ้าศรีวิชัยมุ่งเน้นการปฏิบัติธรรม มากกว่าที่จะสนใจในระเบียบแบบแผนใหม่ อีกทั้งท่านยังยึดมั่นกับจารีตแบบแผนแบบดั้งเดิม โดยปฏิบัติตามวินัยสงฆ์ที่อาจารย์พระอุปัชฌาย์สั่งสอนมา ความสัมพันธ์แบบหัวหมวดวัด ได้สร้างความผูกพันระหว่างพระในชุมชนด้วยกันที่ให้ความเชื่อถือในอาจารย์หรือพระอุปัชฌาย์ที่ถูกแต่งตั้งจากส่วนกลาง เป็นจุดเริ่มต้นของการยืนหยัดที่จะสืบสานจารีตแห่งความเป็นล้านนา
ในการต้องอธิกรณ์ครั้งที่สอง มีความเข้มข้นและรุนแรงมากยิ่งขึ้น อันเนื่องมาจากการต้องอธิกรณ์ในช่วงแรกถึงสามครั้งสามครา และยังส่งผลเพิ่มความเลื่อมใสศรัทธาของชาวบ้านที่มีต่อครูบาเจ้าศรีวิชัยมากยิ่งขึ้น มีการเล่าถึงอิทธิฤทธิ์ปาฏิหาริย์ต่าง ๆ นานาต่อกันไป ทำให้ความนับถือเลื่อมใสในตัวของครูบาเจ้าศรีวิชัยแพร่ขยายออกไปอย่างไม่หยุดยั้ง เมื่อคำเล่าลือทราบถึงเจ้าคณะแขวงลี้และนายอำเภอแขวงลี้ จึงได้เข้าแจ้งต่อพระครูญาณมงคล เจ้าคณะจังหวัดลำพูน โดยตั้งข้อกล่าวหาว่า ท่านซ่องสุมคนคฤหัสถ์ นักบวช เป็นก๊กเหล่า และใช้เวทมนตร์โหงพราย ดังนั้นในวันที่ 12 มกราคม พ.ศ. 2462 พระครูญาณมงคลได้ออกหนังสือฉบับหนึ่งถึงครูบาเจ้าศรีวิชัย เพื่อแจ้งให้ท่านออกจากพื้นที่จังหวัดลำพูนภายใน 15 วัน นับตั้งแต่วันประกาศ ครูบาเจ้าศรีวิชัยได้กล่าวอ้างถึงพระวินัยแห่งพุทธบัญญัติขึ้นมาว่า ท่านได้กระทำผิดพุทธบัญญัติข้อใดไปบ้าง เจ้าคณะแขวงไม่สามารถเอาผิดได้ จึงเลิกราไปพักหนึ่ง
แต่ในเวลาต่อมา เจ้าจักรคำขจรศักดิ์ เรียกครูบาเจ้าศรีวิชัยพร้อมลูกวัดเข้าเมืองลำพูน เหตุการณ์ครั้งนี้ ชี้ให้เห็นสถานะตนบุญของท่านครูบาเจ้าศรีวิชัยชัดเจนมากขึ้น เพราะมีการจัดขบวนแห่แหนท่านเข้าสู่เมืองลำพูนของบรรดาภิกษุสามเณรและคฤหัสถ์อย่างใหญ่โต เมื่อทางบ้านเมืองได้เห็นว่ามีผู้ติดตามท่านมากเช่นนี้ คงตกใจมิใช่น้อย อุปราชมณฑลพายัพได้สั่งย้ายท่านไปยังเชียงใหม่ โดยให้พักอยู่ที่วัดเชตวัน แล้วจึงมอบให้พระครูสุคันธศีล รองเจ้าคณะเชียงใหม่ที่วัดปลากกล้วย (ศรีดอนไชย) ในช่วงที่ถูกจับกุมที่วัดนี้ ได้มีพ่อค้าใหญ่เข้ามาเป็นอุปัฏฐาก ตลอดจนผู้คนในจังหวัดเชียงใหม่และจังหวัดใกล้เคียงก็เดินทางมานมัสการเป็นจำนวนมาก ทางฝ่ายที่ทำการดูแลเกรงว่าเรื่องลุกลามใหญ่โต เนื่องจากศรัทธาของชาวบ้านชาวเมือง เจ้าคณะเชียงใหม่และเจ้าคณะมณฑลพายัพได้ดำเนินการส่งท่านไปรับการไต่สวนพิจารณาคดีที่กรุงเทพฯ โดยตั้งข้อหาไว้ 8 ข้อ เนื้อหารวมของข้อกล่าวหา อาทิ ตั้งตัวเป็นพระอุปัชฌาย์ทั้งที่ไม่มีใบอนุญาต กระด้างกระเดื่องต่อพระราชบัญญัติสงฆ์ และใช้คำกล่าวอ้างของชาวบ้านที่ว่า ท่านมีอิทธิฤทธิ์ปาฏิหาริย์ ทำให้ฝ่ายส่วนกลางหวาดระแวงว่าท่านจะประพฤติตัวเป็น ผีบุญ
โดยรวมแล้วท่านหลุดพ้นจากข้อกล่าวหาทุกกระทง และได้มีโอกาสเข้าเฝ้า พระวรวงศ์เธอ กรมหมื่นชินวรสิริวัฒน์ เป็นการส่วนพระองค์ครั้งหนึ่ง จากการเข้าเฝ้าครั้งนี้ สมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯ ทรงได้ประทานส่งสมณสาส์นไปยัง พระวรวงศ์เธอ กรมหมื่นชินวรสิริวัฒน์ สมเด็จเจ้าคณะใหญ่หนกลาง มีใจความว่า
...วันนี้ฉันได้พบตัวพระศรีวิชัย (14 ก.ค. 2463) ได้ไต่สวนเห็นว่า เป็นพระที่อ่อนโยน ไม่ใช้ผู้ถือกระด้าง ไม่ใช่เจ้าเล่ห์เจ้ากล ไม่ค่อยรู้ธรรมวินัย แต่มีสมณสัญญา พอจะประพฤติอยู่ได้อย่างพระที่ห่างเหินจากสมาคม การตั้งตัวเป็นพระอุปัชฌาย์เองนั้น ด้วยไม่รู้ความหมาย ไม่รู้ประกาศ ทำตามธรรมเนียมคืออุปัชฌายะของเธอ ชื่อสุมนะ เมื่อจะถึงมรณภาพ ได้ตั้งเธอให้ปกครองวัดและบริษัทแทน จนถือว่าได้ตั้งมาจากอุปัชฌายะ เพราะการที่ไม่รู้จักระเบียบแบบแผน ถูกเอาตัวมาลงโทษกักไว้ เกือบไม่รู้ว่าเพราะความผิดอะไร พระอย่างนี้ต้องการอธิบายให้รู้จักผิดชอบ ดีกว่าจะลงโทษ...
การที่ปล่อยครูบาเจ้าศรีวิชัยกลับภูมิลำเนาเดิม และสามารถจะอาศัยอยู่ในวัดใดก็ได้ นับเป็นการลดความไม่พอใจของประชาชนที่นับถือท่านเป็นอย่างมาก อธิกรณ์ในช่วงระยะที่สองนี้ เหมือนเป็นการทำให้ครูบาเจ้าศรีวิชัยเป็นที่รู้จักในสังคมเมืองมากขึ้น ช่วยส่งให้บทบาทของท่านโดดเด่นและชัดเจนยิ่งขึ้น เพราะในสายตาชาวเมือง มองเห็นว่ากลุ่มพระและชาวบ้านที่ติดตามครูบาเจ้าศรีวิชัยมีจำนวนมาก และมีความหลากหลายทางชนชาติด้วยกัน จากการที่คณะสงฆ์ยอมปล่อยให้กลับภูมิลำเนา ในสายตาของคนท้องถิ่นล้านนาแล้ว กลับเห็นว่า ไม่มีใครสามารถทำอันตรายต่อท่าน ซึ่งเปรียบเสมือนตนบุญแห่งล้านนาได้ จากการกลับภูมิลำเนา สถานะและบารมีของครูบาเจ้าศรีวิชัย เป็นที่ศรัทธาสูงสุดในทุกกลุ่มชนของสังคมล้านนา ต่างก็ให้ความเคารพยกย่อง และให้การช่วยเหลือสนับสนุนในด้านการบูรณปฏิสังขรณ์วัดวาอารามต่าง ๆ เป็นอย่างดี
เป็นที่น่าสังเกต ครูบาศรีวิชัยยังตั้งอยู่ในปณิธานเดิม คือมุ่งที่จะดำรงรักษาเอกลักษณ์ความเป็นล้านนาแบบดั้งเดิมอยู่ แม้จะเป็นในเฉพาะด้านธรรมวินัยของพุทธศาสนาเท่านั้น แม้ท่านจะต้องอธิกรณ์หลายครั้งจากการตีความตามวินัยสงฆ์ของภาคกลาง และถึงแม้ว่าอิทธิพลของส่วนกลางจะเข้ามามีอำนาจควบคุมสงฆ์ในล้านนา จนเกิดการแบ่งก๊กแบ่งเหล่าในหมู่สงฆ์ล้านนา ก็ไม่ทำให้ท่านสะทกสะท้านต่ออำนาจรัฐจากส่วนกลาง การต้องอธิกรณ์ในช่วงแรกจนถึงช่วงที่สอง แทนที่ปวงชนจะเสื่อมความศรัทธาในตัวครูบาเจ้าศรีวิชัย กลับเป็นว่า ความศรัทธาเพิ่มขึ้นกว่าเดิมตามแรงบีบคั้นจากส่วนกลาง สาเหตุน่าจะเป็นเพราะว่าท่านมุ่งมั่น กอปรกับท่านมีจริยวัตรที่น่าเลื่อมใส กระทั่งพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ยังทรงชื่นชม ทั้งที่ท่านเองเป็นประมุขส่วนกลาง มีอำนาจที่จะตัดสินหรือจัดการอย่างใดอย่างหนึ่งยึดมั่นในแนวทางของท่านครูบาศรีวิชัย เพราะฉะนั้น จึงไม่แปลกอะไรที่รากฐานแห่งความศรัทธาของท่านจะมีพลังมากขึ้น และที่น่าสังเกตอีกประการหนึ่ง ชาวล้านนามองว่าท่านเป็นพระอริยสงฆ์ มิได้ประพฤติผิดในธรรมข้อใด แต่ทางส่วนกลางถือว่าท่านต้องอธิกรณ์ ถือได้ว่าเป็นการตีความที่ต่างกันระหว่างชาวล้านนากับผู้ปกครองและคณะสงฆ์จากส่วนกลาง
เกิดขึ้นในช่วงที่ครูบาศรีวิชัยได้สร้างถนนขึ้นสู่พระธาตุดอยสุเทพ ขณะก่อสร้างทางอยู่นั้นเอง ปรากฏว่า มีพระสงฆ์ในจังหวัดเชียงใหม่รวม 10 แขวง 50 วัด ขอลาออกจากการปกครองคณะสงฆ์ ไปขึ้นอยู่ในปกครองของครูบาศรีวิชัยแทน เหตุการณ์ครั้งนี้ได้ลุกลามไปทั่วทุกหัวเมือง รวมวัดต่าง ๆ ที่แยกตัวออกไปถึง 90 วัด พระสงฆ์ในจังหวัดต่าง ๆ ก็เริ่มที่จะเคลื่อนไหวที่จะขอแยกตัว ทำให้ครูบาเจ้าศรีวิชัยถูกส่งตัวไปยังกรุงเทพฯ เพื่อระงับเหตุที่จะบานปลาย ขณะเดียวกันนั้น กลุ่มพระสงฆ์วัดที่ขอแยกตัว ถูกสั่งให้มอบตัวและพระที่ถูกบวชโดยครูบาเจ้าศรีวิชัยก็โดยคำสั่งให้สึก เมื่อครูบาเจ้าศรีวิชัยถูกควบคุมตัวอยู่ที่กรุงเทพฯ ก่อให้เกิดความไม่พอใจเป็นอย่างยิ่งในหมู่พระสงฆ์และฆราวาสในหมู่หัวเมืองที่รักและเคารพในตัวท่าน ประเด็นปัญหาเกี่ยวกับครูบาเจ้าศรีวิชัย จึงถูกโยงเข้าไปสู่ปัญหาการเมืองในขณะนั้นไปด้วย
ในการจับกุมช่วงที่สามนั้น ได้ดำเนินเรื่อยมาจนถึงพุทธศักราช 2479 เมื่อหลวงศรีประกาศได้พูดคุยกับครูบาเจ้าศรีวิชัยในวันที่ 21 เมษายน ครูบาเจ้าศรีวิชัยจึงได้ให้คำรับรองต่อคณะสงฆ์ว่าจะปฏิบัติตามพระราชบัญญัติลักษณะการปกครองคณะสงฆ์ทุกประการ และได้เดินทางกลับลำพูนเมื่อวันที่ 13 พฤษภาคม ปีเดียวกัน
สืบเนื่องจากรากฐานแห่งความศรัทธาจากฆราวาสและคฤหัสถ์ที่แข็งแกร่งอยู่แล้ว เมื่อเกิดเหตุการณ์การจับกุม ครูบาเจ้าศรีวิชัยมีภาพลักษณ์เป็นตนบุญ นักบุญ แห่งล้านนา ย่อมเป็นธรรมดาที่ศรัทธาฆราวาสหรือคฤหัสถ์จะยอมรับไม่ได้ ที่ใครหรือกลุ่มคนใดจะมาลบหลู่บุคคลอันเป็นศูนย์รวมจิตใจ การจับกุมท่านหรือส่งตัวท่านไปสอบสวนที่กรุงเทพฯ ไม่ต่างจากการกระทำที่ย่ำยีความศรัทธาและสิ่งยึดเหนี่ยวจิตใจ และอาจนำไปสู่ความโกรธแค้น ก่อให้เกิดความวุ่นวาย การใช้กำลังในการยุติปัญหา จากที่กล่าวมาโดยสังเขป พอจะวิเคราะห์ให้เห็นได้ว่า
ในขณะนั้น ปัญหาความขัดแย้งที่เกิดขึ้น ได้แปรสภาพจากปัญหาเล็ก ๆ ระหว่างสงฆ์ล้านนารูปหนึ่งกับคณะสงฆ์ในส่วนกลาง มาเป็นปัญหาระหว่างชาวล้านนากับอำนาจจากส่วนกลาง เมื่อขอบเขตของปัญหาเปลี่ยนจากเล็กเป็นใหญ่ อาจเป็นไปได้ว่า ท่านมองว่าประเด็นปัญหาส่วนตัวของท่านที่มีกับระเบียบของคณะสงฆ์ส่วนกลาง กลายเป็นเรื่องเล็กไปแล้ว กอปรกับความที่ครูบาเจ้าศรีวิชัย เป็นสงฆ์สายอรัญวาสี เคร่งครัดสูงในเรื่องธรรมวินัย เพราะฉะนั้นการจะยอมตาม จึงเป็นเรื่องไม่เหนือวิสัยสำหรับสงฆ์ในสายอรัญวาสี และความที่ท่านเป็นที่นับถือของพระสงฆ์ในล้านนาด้วยกันเอง การจะเปลี่ยนมาถือตามระเบียบสงฆ์ของทางส่วนกลาง ท่านย่อมสามารถอธิบายและโน้มน้าวให้เห็นตามได้ไม่ยาก
จากการที่ครูบาเจ้าศรีวิชัย ยังคงปฏิบัติตามจารีตของล้านนาโดยไม่โอนอ่อนผ่อนตามนโยบายของส่วนกลาง เป็นเหมือนการปลุกจิตสำนึกของชาวล้านนา สะท้อนให้เห็นว่า ถึงแม้ว่าท่านจะยอมรับระเบียบธรรมเนียมสงฆ์ของส่วนกลางในตอนท้ายที่สุด ก็ไม่ได้หมายความว่าจิตวิญญาณของล้านนานั้นได้ถูกทำลายไปด้วย กลับทว่าจิตวิญญาณของล้านนาได้แสดงให้เห็นปรากฏชัดต่อชาวล้านนาและคนทั่วไป จากที่มีอยู่แล้วยิ่งชัดเจนเพิ่มมากขึ้น จากความขัดแย้งของท่านครูบาเจ้าศรีวิชัย กับรัฐ ในขณะนั้นการตั้งอยู่บนพื้นฐานความพยายามที่จะสลายจิตวิญญาณล้านนา เพื่อรวมแว่นแคว้นต่าง ๆ ให้เป็นปึกแผ่นเป็นเอกภาพกับส่วนกลาง เพื่อต่อสู้กับลัทธิล่าอาณานิคม แต่ในปัจจุบัน รัฐให้การสนับสนุนทุกวิถีทางที่จะปลุกกระแสความเป็นล้านนา เพื่อใช้เป็นแหล่งอุตสาหกรรมท่องเที่ยวแหล่งหนึ่ง เมื่อเทียบกับครั้งที่ครูบาเจ้าศรีวิชัยปลุกกระแสการสืบสานจิตวิญญาณล้านนา ไม่อาจนำมาเทียบได้เลย อีกทั้งจิตวิญญาณของพระสังฆราช ทรงร่างพระราชบัญญัติการปกครองคณะสงฆ์ไทยทางมณฑลพายัพ มีพระบัญชา ให้พระธรรมโรดม พระศรีสมโพธิ เป็นที่ปรึกษา รับพระกระแสขึ้นมาเชียงใหม่เมื่อปี พ.ศ. 2450 เข้าทำการปรึกษากับเจ้าอินทวโรรส เจ้าผู้ครองนครเชียงใหม่ พร้อมเจ้าพระยาสุรสีห์วิศิษฐ์ศักดิ์ ข้าหลวงมณฑลพายัพ จัดการคัดหาตัวพระมหาเถระ ผู้แตกฉานธรรมวินัย เพื่อแต่งตั้งเป็นเจ้าคณะเมือง เจ้าคณะรอง เจ้าคณะจังหวัด และเจ้าคณะแขวง มีหน้าที่บังคับบัญชาคณะสงฆ์ให้ปฏิบัติตามพระราชบัญญัติปกครองคณะสงฆ์
การเข้ามามีบทบาทของส่วนกลาง ส่งผลกระทบต่อวงการสงฆ์ล้านนาอย่างมาก ล้านนามีจารีตการปกครองสงฆ์ค่อนข้างเป็นอิสระในทาง ปฏิบัติ แม้ว่าในแต่ละเมือง จะมีตำแหน่งสังฆราชา และมีครูบาอีก 7 รูป คอยปกครองดูแล แต่ระเบียบการปกครองสงฆ์ตามจารีตเดิมของล้านนา ให้ความสำคัญแก่ “ระบบหมวดอุโบสถ” หรือ “ระบบหัวหมวดวัด” มากกว่า และการปกครองก็เป็นในระบบพระอุปัชฌาย์ อาจารย์กับศิษย์ ซึ่งมีอิทธิพลค่อนข้างมาก และล้านนาเองก็มีแนวปฏิบัติที่หลากหลาย เนื่องจากมีการจำแนกถึง 18 นิกาย และในแต่ละนิกาย ก็น่าจะหมายถึงกลุ่มพระที่เป็นสายพระอุปัชฌาย์ในแต่ละท้องที่ ซึ่งมีอำนาจปกครองในล้านนายังคงอยู่ และมีการสืบทอดจากคนรุ่นหนึ่งสู่คนอีกรุ่นหนึ่ง โดยคนล้านนาเอง เพราะล้านนามีจิตวิญญาณดั้งเดิมอันแท้จริงที่สืบสานต่อกันมา ไม่มีทางที่คนกลุ่มใดจะสร้างขึ้นมาหรือทำให้แปรเปลี่ยนเป็นอื่นได้ เว้นแต่ชาวล้านนาเองจะพร้อมใจที่จะปรับเปลี่ยนจิตวิญญาณล้านนาเพื่อให้ทันต่อกระแสความเปลี่ยนแปลงของสังคม
เมื่อครูบาเจ้าศรีวิชัย ถูกขับออกจากเมืองเชียงใหม่ ครูบาเจ้าฯ ได้ปวารณาตนว่าจะไม่กลับไปเหยียบแผ่นดินเชียงใหม่อีก เว้นแต่แม่น้ำปิงจะไหลย้อนกลับ ครูบาเจ้าศรีวิชัย มรณภาพเมื่อวันที่ 22 มีนาคม พ.ศ. 2481 ที่วัดบ้างปาง อำเภอลี้ จังหวัดลำพูน สิริอายุได้ 59 ปี ตั้งศพไว้ที่วัดบ้านปาง เป็นเวลา 1 ปี จึงได้เคลื่อนศพมาตั้งไว้ ณ วัดจามเทวี อำเภอเมืองลำพูน จังหวัดลำพูน จนกระทั่งวันที่ 21 มีนาคม พ.ศ. 2489 จึงได้รับพระราชทานเพลิงศพ โดยมีประชาชนมาร่วมในพิธีพระราชทานเพลิงศพจำนวนมาก และประชาชนเหล่านั้นได้เข้าแย่งชิงอัฏฐิธาตุของครูบาศรีวิชัย ตั้งแต่ไฟยังไม่มอดสนิท แม้แต่แผ่นดินตรงที่ถวายพระเพลิง ก็ยังมีผู้ขุดเอาไปสักการบูชา อัฏฐิธาตุของท่านที่เจ้าหน้าที่สามารถรวบรวมได้ได้ถูกแบ่งออกเป็น 7 ส่วน แบ่งไปบรรจุตามสถานที่ต่าง ๆ ทั่วแผ่นดินล้านนาดังนี้