กีฬาในประเทศญี่ปุ่น เป็นสิ่งสำคัญในวัฒนธรรมญี่ปุ่น กีฬาดั้งเดิมของญี่ปุ่น เช่น ซูโม่ และศิลปะการต่อสู้ประเภทต่าง ๆ และกีฬานำเข้าจากประเทศตะวันตก เช่น เบสบอล และฟุตบอล เป็นที่นิยมในหมู่ผู้เข้าแข่งขันและผู้ชม
ซูโม่จัดเป็นกีฬาประจำชาติญี่ปุ่น เบสบอลเข้าสู่ประเทศญี่ปุ่นโดยชาวอเมริกันในศตวรรษที่ 19 ลีกเบสบอลมืออาชีพนิปปอน เป็นการแข่งขันกีฬาอาชีพที่ใหญ่ที่สุดวัดจากระดับความนิยมทางโทรทัศน์และผู้เข้าชม ศิลปะการป้องกันตัว เช่น ยูโด คาราเต้ และเค็นโดสมัยใหม่ มีผู้นำไปฝึกฝนอย่างกว้างขวางและเป็นกีฬาที่สนุกสนานในมุมมองของผู้ชมในประเทศ ฟุตบอลได้รับความนิยมตั้งแต่ก่อตั้งลีกฟุตบอลอาชีพญี่ปุ่น เมื่อ ค.ศ. 1992 กีฬาอื่น ๆ ที่ได้รับความนิยม เช่น สเกตลีลา รักบี้ยูเนียน กอล์ฟ และการแข่งความเร็ว โดยเฉพาะการแข่งรถ
กีฬาหลายชนิดถูกนำเข้าและเป็นที่นิยมในประเทศญี่ปุ่น กีฬาบางชนิดคิดค้นขึ้นโดยปรับเปลี่ยนกติกาของกีฬานำเข้า เกมกระดานของญี่ปุ่นในรูปของหมากรุก เรียกว่า โชงิ เกมกระดานอีกชนิดที่เป็นที่นิยมคือ โกะ
ตามประวัติศาสตร์ เบสบอลเป็นกีฬาที่เป็นที่นิยมที่สุดในประเทศญี่ปุ่น ได้รับการแนะนำครั้งแรกใน ค.ศ. 1872 โดยโฮเรซ วิลสัน ซึ่งสอนที่โรงเรียนไคเซอิในโตเกียว ทีมเบสบอลทีมแรกเรียกว่า ชมรมนักกีฬาชิมบาชิ ก่อตั้งใน ค.ศ. 1878 เบสบอลกลายเป็นที่นิยมตั้งแต่นั้นมา มีชื่อเรียกในภาษาญี่ปุ่นว่า ?? (????; ยะกิว)
ฟุตบอลเป็นหนึ่งในกีฬาที่เป็นที่นิยมในประเทศญี่ปุ่น สมาคมฟุตบอลญี่ปุ่น (JFA) เป็นผู้ดูแลกีฬาฟุตบอลในญี่ปุ่น
ฟุตบอลได้รับการแนะนำในประเทศญี่ปุ่นในยุคเมจิ โดยโอยะโทะอิ งะอิโกะกุจิน ที่ปรึกษาชาวต่างชาติที่รัฐบาลญี่ปุ่นว่าจ้าง เช่นเดียวกับกีฬาต่างชาติชนืดอื่น เช่น เบสบอล ชมรมฟุตบอลชมรมแรกเรียกว่า โตเกียวชูกิวดัง (Tokyo Sh?ky?-dan) ก่อตั้งใน ค.ศ. 1917
ตั้งแต่ผลงานของยุตะ ทะบุเสะ และทะคุยะ คะวะมุระ บาสเกตบอลกลับมาเฟื่องฟูและกลายเป็นกีฬาที่เป็นที่นิยมในประเทศญี่ปุ่นบาสเกตบอลทีมชาติญี่ปุ่นชนะการแข่งขันฟีบาเอเชียแชมเปียนชิปสองครั้ง และเข้ารอบ 25 ครั้ง จากการแข่งขันทั้งหมด 26 ครั้ง ญี่ปุ่นเป็นเจ้าภาพการแข่งขันฟีบาเวิลด์แชมเปียนชิป 2006 โดยแข่งขันในเมืองฮะมะมะสึ ฮิโระชิมะ ไซตะมะ ซัปโปโร และเซ็นได
รักบี้ยูเนียนเป็นกีฬาที่เป็นที่นิยมในประเทศญี่ปุ่น รักบี้ยูเนียนทีมชาติญี่ปุ่น ซึ่งดูแลโดยสหภาพฟุตบอลและรักบี้ญี่ปุ่น (Japan Rugby Football Union) เข้าแข่งขันรักบี้ชิงแชมป์โลกทุกครั้งนับตั้งแต่ ค.ศ. 1987 ประเทศญี่ปุ่นจะเป็นเจ้าภาพจัดการแข่งขันรักบี้ชิงแชมป์โลกใน ค.ศ. 2019 ประเทศญี่ปุ่นชนะการแข่งขันรักบี้ชิงแชมป์โลกครั้งแรกใน ค.ศ. 1991 โดยชนะประเทศซิมบับเว
ซูโม่เป็นกีฬาประจำชาติญี่ปุ่น เชื่อกันว่ามีถิ่นกำเนิดในประเทศญี่ปุ่น ดูแลโดยสมาคมซูโม่ญี่ปุ่น
