การปฏิรูปสถาบันศาสนาคริสต์ ที่กล่าวถึงเป็นความหมายทางประวัติศาสตร์ศาสนาที่กล่าวถึงการละทิ้งอสังหาริมทรัพย์และทรัพย์ของวัดโดยขายจากการที่รัฐบาลสั่งยึดทรัพย์หลังจากที่มีการต่อรองระหว่างรัฐบาลกับฝ่ายปกครองของวัด ตามปรัชญาสถาบันโรมันคาทอลิก คำนี้อาจจะหมายถึงการที่สถาบันอนุญาตให้นักบวชแยกตัวมาอยู่นอก สำนักสงฆ์ ซึ่งอาจจะเป็นช่วงระยะเวลาจำกัดหรืออาจจะเป็นการถาวรก็ได้
การปฏิรูปสถาบันศาสนาคริสต์สมัยปลายยุคกลาง เป็นเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นในทวีปยุโรปเช่น อังกฤษ เยอรมนี หรือ สวีเดน ที่เริ่มมาตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่ 10 มาจนถึง การปฏิรูปศาสนาของนิกายโปรเตสแตนต์ เมื่อคริสต์ศตวรรษที่ 16 การเปลี่ยนแปลงแบบนี้หมายถึงการที่มหาวิหารแยกตัวออกมาจากลัทธิสำนักสงฆ์ เช่น ลัทธิเบ็นนาดิคติน หรือ ลัทธิออกัสติเนียน มาขึ้นกับการปฏิบัติตาม “คริสต์ศาสนกฎบัตร” (Canon law) โดยทั่วไปเท่านั้น ฉะนั้นสังฆบุคลากรของมหาวิหารประเภทหลังจึงได้เรียกกันว่า “แคนนอน” (Canon) สถาบันศาสนาแบบนี้จึงรู้จักกันว่า สถาบันแบบ “เซ็คคิวลาร์” (Secular)
เมื่อมีการก่อตั้งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์เมื่อคริสต์ศตวรรษที่ 10 และ 11 ระบบศักดินาทำให้เยอรมนีและทางเหนือของอิตาลีแบ่งย่อยออกเป็นแคว้นเล็กแคว้นน้อยแต่ละแคว้นก็มีเจ้าผู้ครองนครของตนเอง มีระบบ มีสิทธิ และความเป็นอิสระจากแคว้นอื่นทำให้การปกครองขาดความเป็นอันหนึ่งอันเดียวกัน เพื่อจะแก้ปัญหานี้สังฆมณฑล สำนักสงฆ์ และ แอบบีก็มอบที่ดินและตำแหน่งชั่วคราวเช่น ดยุก หรือ เคานท์ ให้กับจักรพรรดิแห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์เรื่อยมา
การแต่งตั้งตำแหน่งต่างๆโดยสถาบันศาสนาคริสต์ เหล่านี้ทำให้เกิดความขัดแย้งระหว่างกัน จนในที่สุดพระจักรพรรดิเองก็ไม่สามารถควบคุมสถาบันศาสนาได้ สถาบันทางศาสนาเองก็เริ่มมีอำนาจในการปกครองแคว้นเหล่านี้มากขึ้นจนกลายเป็น “คริสต์ศาสนรัฐ” (ecclesiastical states) ระบบนี้ทำให้เกิดการฉ้อโกงและการใช้ชีวิตฟุ้งเฟ้อกันภายในคริสต์ศาสนรัฐอย่างแพร่หลาย ซึ่งเป็นผลที่ทำให้ระบบการปกครองของสังฆบุคลากรของสถาบันโรมันคาทอลิกเองก็เสื่อมลง และในที่สุดก็นำไปสู่การปฏิรูปศาสนาของนิกายโปรเตสแตนต์
แต่การปฏิรูปซ้อนของนิกายโรมันคาทอลิกทำให้ตำแหน่งต่างๆ เหล่านี้โดยเฉพาะ “สมเด็จพระสังฆราช” (Prince-Bishops) กลับมารุ่งเรืองขึ้นอีกระยะหนึ่ง แต่พอเมื่อมาถึงปลาย “สงครามสามสิบปี” ระหว่างปีค.ศ. 1618 ถึงปีค.ศ. 1648 ระบบซึ่งผู้อยู่ภายใต้การปกครองของ “คริสต์ศาสนรัฐ” ที่ขึ้นอยู่กับ “สมเด็จพระสังฆราช” ก็เสื่อมลง
ในปีค.ศ. 1797 จักรพรรดินโปเลียนที่ 1 ทรงได้รับชัยชนะต่อจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์โดยผนวกดินแดนทั้งหมดทางฝั่งตะวันตกของแม่น้ำไรน์ตาม “สนธิสัญญาแค็มโพฟอร์มิโอ” (Treaty of Campo Formio) เมื่อจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์เสียดินแดนให้กับจักรพรรดินโปเลียน ทางจักรวรรดิก็ต้องหาที่ดินชดเชยให้กับเจ้านายหรือขุนนางที่ไร้แผ่นดิน ที่ดินและอสังหาริมทรัพย์ที่เป็นของ “สมเด็จพระสังฆราช” จึงถูกยึด หรือถูก “secularised” และแบ่งปันกันระหว่างเจ้าผู้ครองนครต่างๆในเยอรมนี
“คริสต์ศาสนรัฐ” เมื่อถูกยึดมาแล้วก็จะถูกผนวกกับดินแดนของรัฐข้างเคียง คริสต์ศาสนรัฐที่รอดมาได้จากการถูกผนวกมีเพียงสามแห่ง การปฏิรูปครั้งนี้ทำให้ระบบคริสต์ศาสนรัฐเสื่อมลงและสิ่งก่อสร้างทางศาสนาที่ขาดการดูแลทรุดโทรมลงตามไปด้วย สำนักสงฆ์และแอบบีเป็นจำนวนมากไม่สามารถอยู่รอดได้ก็ต้องปิดกันไป
อ่านบทความฉบับสมบูรณ์ได้ที่ http://th.wikipedia.org/wiki/การแยกฝ่ายอาณาจักรออกจากฝ่ายศาสนจักร