การเจาะน้ำคร่ำ (อังกฤษ: amniocentesis) เป็นการตรวจทางการแพทย์อย่างหนึ่งใช้สำหรับการตรวจวินิจฉัยก่อนการคลอดสำหรับความผิดปกติของโครโมโซม การติดเชื้อในทารก และความผิดปกติอื่นๆ ทำโดยเจาะดูดเอาน้ำคร่ำปริมาณน้อยจากถุงน้ำคร่ำที่อยู่รอบๆ ทารกในครรภ์ ในน้ำคร่ำนี้จะมีเนื้อเยื่อของทารกอยู่ สามารถสกัดเซลล์ออกมาตรวจ DNA หาความผิดปกติทางพันธุกรรมได้
การเจาะน้ำคร่ำจะทำในช่วงอายุครรภ์ 15-20 สัปดาห์ หากทำเร็วกว่านี้จะมีความเสี่ยงที่การเจาะจะทำอันตรายต่อแขนขาของทารก ส่วนใหญ่นิยมทำที่อายุครรภ์ 18 สัปดาห์
พบมีการสูญเสียน้ำคร่ำชั่วคราวในหญิงตั้งครรภ์ที่รับการเจาะน้ำคร่ำมากกว่าในกลุ่มที่ไม่ได้เจาะ แม้อาจไม่ทำให้เกิดผลการตั้งครรภ์ที่ผิดปกติมากนักก็ตาม การสูญเสียน้ำคร่ำนี้เกือบทั้งหมดเป็นการสูญเสียน้ำคร่ำเพียงเล็กน้อยและมักหยุดได้เองภายใน 1 สัปดาห์ พร้อมกันกับการมีปริมาณน้ำคร่ำเพิ่มขึ้นกลับมาเท่าปกติ การหยุดรั่วนั้นเชื่อว่าไม่ได้เป็นผลโดยตรงจากการซ่อมแซมเยื่อบุที่ถูกเจาะ แต่เกิดจากการเปลี่ยนแปลงของชั้น decidua และชั้นกล้ามเนื้อมดลูกที่ป้องกันไม่ให้มีการรั่วมากขึ้น
โอกาสที่จะเกิดอันตรายโดยตรงต่อทารกจากเข็มเจาะนั้นมีน้อยมากหากใช้การเจาะน้ำคร่ำพร้อมอัลตราซาวนด์ การทดลองแบบสุ่มชิ้นหนึ่งทำกับหญิงตั้งครรภ์ 2239 คนที่ใช้การเจาะน้ำคร่ำพร้อมอัลตราซาวนด์ไม่พบว่ามีอันตรายโดยตรงต่อทารก
