การคมนาคมในประเทศมาเลเซีย เริ่มตั้งแต่สมัยอาณานิคมของอังกฤษ มีการคมนาคมหลากหลายรูปแบบซึ่งพัฒนาเรื่อยมา ระบบถนนในมาเลเซียนั้นกว้างขวาง ครอบคลุมระยะทาง 63,445 กิโลเมตร รวมทั้งทางด่วน 1,630 กิโลเมตร ทางหลวงสายหลักของประเทศยาว 800 กิโลเมตร เริ่มตั้งแต่ชายแดนไทยไปจนถึงสิงคโปร์ ระบบถนนในมาเลเซียตะวันตกนั้นมีคุณภาพ ในขณะที่ระบบถนนในมาเลเซียตะวันออกนั้นไม่มีการพัฒนาเลย
ประเทศมาเลเซียมีท่าอากาศยานนานาชาติทั้งหมด 5 แห่ง สายการบินหลักคือ มาเลเซียแอร์ไลน์ ส่วนทางรถไฟในมาเลเซียนั้น ครอบคลุมระยะทาง 1798 กิโลเมตร ในกัวลาลัมเปอร์จะมีระบบรถไฟฟ้าโมโนเรลและรถไฟฟ้ารางเบา
ระบบถนนในมาเลเซียทั้งหมด มีระยะทาง 98,721 กิโลเมตร (61,342 ไมล์) แบ่งเป็นทางธรรมดา 80,280 กิโลเมตร (49,884 ไมล์) และทางด่วน 1,821 กิโลเมตร (1,132 ไมล์) ทางหลวงที่ยาวที่สุดในประเทศคือ ทางหลวงสายเหนือ-ใต้ ระยะทางมากกว่า 800 กิโลเมตร (497 ไมล์) ระหว่างชายแดนไทยและสิงคโปร์ ระบบถนนในมาเลเซียตะวันออก ได้แก่ รัฐซาบาห์และรัฐซาราวักนั้น มีคุณภาพน้อยเมื่อเทียบกับฝั่งตะวันตก มาเลเซีย มีการขับขี่ยานพาหนะด้วยการจราจรเลนขวา (หรือใช้พวงมาลัยรถยนต์ด้านซ้าย) ตั้งแต่ปี 1903 ในสมัยที่ยังเป็นเมืองขึ้นของอังกฤษ (โดยผ่านทาง สหพันธรัฐมลายู)
การขนส่งระบบรางในประเทศมาเลเซีย มีระยะทาง 1,849 กิโลเมตร (1,149 ไมล์) โดย 1,792 กิโลเมตร (1,113 ไมล์) เป็นรางแคบ ในขณะที่ 57 กิโลเมตร (35 ไมล์) เป็นรางมาตรฐาน ในกัวลาลัมเปอร์นั้น มีระบบรถไฟฟ้าโมโนเรลและรถไฟฟ้ารางเบา
มีทางแม่น้ำยาว 7,200 กิโลเมตร (4,474 ไมล์) โดยแบ่งเป็นทางน้ำในมาเลเซียตะวันตก 3,200 กิโลเมตร (1,988 ไมล์) รัฐซาบาห์ 1,500 กิโลเมตร (932 ไมล์) และรัฐซาราวัก 2,500 กิโลเมตร (1,553 ไมล์)
