ประเทศญี่ปุ่นมีถนนสายสำคัญหลายสายในทุกภาค โดยถนนหลักแต่ละสายจะเชื่อมโยงกับเมืองสำคัญ ๆ หรือเมืองใหญ่ ๆ ในทุกภาค
การคมนาคมทางด้านรถไฟในประเทศญี่ปุ่นมีความจำเป็นอย่างยิ่งในชีวิตประจำวันของคนญี่ปุ่น สำหรับการขนส่งในเขตเมืองหลัก มีบริษัทที่ให้บริการหลายกลุ่มทั้งของรัฐบาลญี่ปุ่น หรือกลุ่มบริษัทเอกชน โดยมีสถานีรถไฟที่มีประชากรจำนวนมากเช่น สถานีชินจูกุ, สถานีอิเกะบุกุโระ, สถานีชิบุยะ, สถานีอุเมะดะ และ สถานีโยะโกะฮะมะ บางสถานีมีประชากรที่ใช้การขนส่งทางรถไฟถึง 2 ล้านรายหรือมากกว่าต่อวัน
ฟุกุโอะกะ, โคเบะ, เคียวโตะ, นะโงะยะ, โอซะกะ, ซัปโปะโระ, โตเกียว และ โยะโกะฮะมะ มีสถานีรถไฟฟ้าใต้ดิน
ชาวญี่ปุ่นเดินทางด้วยการสัญจรทางเท้า จนถึงช่วงหลังของศตวรรษที่ 19 ทางเดินรถไฟฟ้าที่แรกถูกสร้างขึ้นระหว่างโตเกียว และ โยะโกะฮะมะ ในปี 1872 และมีการสร้างทางรถไฟฟ้าอีกหลายแห่ง จนประเทศญี่ปุ่นเป็นปีะเทศที่มีการพัฒนาการขนส่งมากที่สุดในโลก การขนส่งมวลชนได้รับการปรับปรุงอยู่มากในประเทศญี่ปุ่น แต่ระบบถนนที่ยังคงมีความล้าช้าอยู่บ้าง ซึ่งการปรับปรุงการจราจรทำให้ไม่พอกับการรองรับปริมาณรถยนต์ที่สัญจรในแต่ละวัน และอีกเหตุผลหนึ่งที่ทำให้การพัฒนาถนนเป็นเรื่องลำบากคือ ลักษณะภูมิประเทศของประเทศญี่ปุ่นซึ่งเป็นแบบภูเขาสูง และการมีพื้นที่จำกัด รถไฟที่เร็วที่สุดในประเทศญ่ปุ่นชื่อว่า รถไฟชินคันเซ็น เป็นรถไฟที่มีความเร็ว 300 กม./ชม. รถไฟชินคันเซ็นเป็นที่รู้จักในเรื่องของความตรงต่อเวลามาก หากมาช้ากว่าเวลาที่กำหนดจะถูกบันทึกไว้ ซึ่งในปี 2003 ได้มีรถไฟโทไกโด ชินคันเซ็น ถูกบันทึกเพราะมาช้ากว่าเวลา เพียง 6 วินาที
ประเทศญี่ปุ่นมีถนนยาว 1,152,207 กม. และทางหลวงยาว 863,003 กม. (รวมระยะทางทางด่วน 6,114 กม.) มีรถยนต์หลายประเภทวิ่ง ทั้งรถบรรทุกที่ต้องบรรทุกน้ำหนักหลายตัน การขนส่งประเภทนี้ขยายตัวอย่างรวดเร็วในช่วงปี 1980 กว่า 6 พันล้านตันคิดเป็นร้อยละ 90 ของรถบรรทุกขนส่งสินค้าภายในประเทศประมาณร้อยละ 50
แม้ว่าประเทศญี่ปุ่นจะมีการบังคับใช้กฎหมายจราจร ในเรื่องของการเมาแล้วขับ แต่ก็ยังคงเห็นอุบัติเหตุหลายครั้งบนท้องถนน
ประเทศญี่ปุ่นมีท่าอากาศยานทั้งหมด 97 แห่ง (2553) โดยมีท่าอากาศยานหลักคือ ท่าอากาศยานนานาชาตินะริตะ (โตเกียว) , ท่าอากาศยานนานาชาติคันไซ (ในเขตโอซะกะ/โคเบะ/เคียวโตะ) , ท่าอากาศยานนานาชาติชูบุเซ็นแทรร์ หรือท่าอากาศยานนะโงะยะ (เขตพื้นที่นะโงะยะ) ท่าอากาศยานภายในประเทศหลักคือ ท่าอากาศยานนานาชาติโตเกียว ตั้งอยู่ที่เมือง เอะโดะ จังหวัดโตเกียว ที่หลังจากมีการก่อสร้างและเปิดท่าอากาศยานนานาชาติโตเกียวใหม่ (ท่าอากาศยานนานาชาตินะริตะ) ทำให้ท่าอากาศโตเกียวถูกลดจำนวนการบินภายนอกประเทศลง เหลือเพียงการบินภายในประเทศ และเที่ยวลบิน โซล - โตเกียว เท่านั้น ท่าอากาศยานที่ดีที่สุดในทวีปเอเชียและเป็นอันดับ 4 ของโลก อยู่ที่ประเทศญี่ปุ่น ท่าอากาศยานสำคัญอื่น ๆ คือ ท่าอากาศยานนานาชาติโอซะกะ (ในเขตอิทะมิ) , ท่าอากาศยานจิโตะเซะใหม่ (ในเขตซัปโปะโระ) , และ ท่าอากาศยานฟุกุโอะกะ และท่าอาศยานอื่น ๆ อีก 14 แห่ง (1999)
สายการบินหลักของประเทศญี่ปุ่นมี 2 สายการบินคือ สายการบินออล นิปปอน แอร์เวย์ และ เจแปนแอร์ไลน์ และสายการบินอื่น ๆ เช่น สกายมาคร์แอร์ไลน์, สกายเน็ท เอเซีย แอร์เวย์, แอร์โด, สตาร์ไฟเยอร์, ฟูจิ ดรีม แอร์ไลน์, ยูไนเต็ดแอร์ไลน์ และ เดลต้า แอร์ไลน์ โดยสายการบินส่วนใหญ่มักจะมาลงที่ท่าอากาศยานนานาชาตินะริตะ
ประเทศญี่ปุ่นมีท่าเรือที่สำคัญ 22 ท่าเรือ ได้แก่ จิบะ, ฟุชิกิ/โทะยะมะ, ฮิเมะจิ, ฮิโระชิมะ, คะวะซะกิ, คิตะคีวชู, โคเบะ, คุดะมะสึ, มุโระรัง, นะโงะยะ, นีงะตะ, โอซะกะ, ซะไค/เซ็นโปะคุ, เซ็นได/ชิโอะงะมะ, ชิมิซุ, ชิโมะโนะเซะกิ, โตเกียว, โทะมะโคะไม, วะกะยะมะ, โยคไคจิ และ โยะโกะฮะมะ
อ่านบทความฉบับสมบูรณ์ได้ที่ http://th.wikipedia.org/wiki/การคมนาคมในประเทศญี่ปุ่น