กองทัพแดงญี่ปุ่น (อังกฤษ: Japanese Red Army, JRA; ญี่ปุ่น: ????, โรมะจิ: Nihon Sekigun) เป็นกลุ่มปฏิบัติการข้ามชาติที่ก่อตั้งตั้งแต่พ.ศ. 2513 โดยแยกตัวออกมาจากสันนิบาตคอมมิวนิสต์มีจุดมุ่งหมายเพื่อโค่นล้มราชวงศ์ญี่ปุ่น เครือข่ายของกลุ่มได้แพร่หลายอยู่ในหลายประเทศในเอเชีย เชื่อกันว่าฐานที่มั่นอยู่ในประเทศเลบานอนตั้งแต่พ.ศ. 2520 และมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับกลุ่มติดอาวุธในปาเลสไตน์
ปฏิบัติการโจมตีที่สำคัญของกลุ่มได้แก่ การสังหารหมู่ที่สนามบินลอด ประเทศอิสราเอลเมื่อพ.ศ. 2515 การจี้เครื่องบินของสายการบินญี่ปุ่น ความพยายามยึดสถานทูตสหรัฐในประเทศมาเลเซีย สมาชิกของกองทัพแดงญี่ปุ่นถูกจับในสหรัฐเมื่อพ.ศ. 2521 ระหว่างการวางแผนโจมตีนิวเจอร์ซีย์เทิร์นไพค์ และยังถูกจับเป็นจำนวนมากในประเทศเลบานอนเมื่อพ.ศ. 2540 ปัจจุบันความเคลื่อนไหวของกลุ่มนี้ลดลง
