กองทัพมาเลเซีย (อังกฤษ: Malaysian Armed Forces มาเลย์: Angkatan Tentera Malaysia-ATM) เป็นกองทัพของสหพันธรัฐมาเลเซีย สังกัดกระทรวงกลาโหม ประกอบด้วยสามเหล่าทัพคือ กองทัพบก, กองทัพอากาศ} กองทัพเรือ และ กองกำลังกึ่งทหาร
กองทัพของมาเลเซียเกิดขึ้นจากการก่อตัวของกองกำลังท้องถิ่น ในครึ่งแรกของคริสต์ศตวรรษที่ 20 ระหว่างที่สหพันธรัฐมาลายาและสิงคโปร์ยังเป็นรัฐในอารักขาของอังกฤษ ก่อนที่ต่อมาได้รับเอกราชในปี พ.ศ. 2500 โดยมีบทบาทคือการปกป้องอธิปไตยและผลประโยชน์ของชาติรวมถึงภัยคุกคามต่างๆ
ในช่วงของการปลดแอกในปี พ.ศ. 2500 กองทัพมาลายาและกองกำลังของเครือจักรภพแห่งชาติได้ถูกว่าจ้างเป็นการฉุกเฉิน จากการก่อความไม่สงบของลัทธิคอมมิวนิสต์ ซึ่งนำโดย ชิน เผง หัวหน้าพรรคคอมมิวนิสต์มาลายา กลุ่มของคอมมิวนิสต์ในมลายาขณะนั้นได้รับการสนับสนุนจากจีน จากการเป็นปลดแอกของมาลายาทำให้พื้นที่ในการก่อความไม่สงบลดลง จนกระทั่งปี พ.ศ. 2503 ชิน เผง จึงได้สั่งยุติการสู้รบ
3 ปีภายหลังวิกฤติการณ์มาลายา มาลายา, สิงคโปร์, ซาราวัก และ บอร์เนียวเหนือ ได้ถูกรวมกันเป็น "สหพันธรัฐมาเลเซีย" ซึ่งถูกต่อต้านทางการทหารอย่างยิ่งจากนายซูการ์โน ประธานาธิบดีอินโดนีเซียในขณะนั้น การเผชิญหน้าได้เกิดขึ้นในป่าของเกาะบอร์เนียว แต่ก็ยังถือเป็นความขัดแย้งระดับต่ำ ต่อมากองทัพมาเลเซียได้รับความช่วยเหลืออีกครั้งจากเครือจักรภพแห่งชาติ ในปี พ.ศ. 2509 ซึ่งซูการ์โนถูกโค่นล้มและความขัดแย้งถือเป็นที่สิ้นสุด
